区疾病预防控制中心接到医疗机构不能排除传染性非典型肺炎的病例报告后，应在1.0小时内赶赴现场，开展工作，并提供流行病学判断依据，供医疗机构诊断参考。当病人被医疗机构确认为临床诊断病例、疑似病例和留观病例时，按照《上海市传染性非典型性肺炎病例流行病学调查、密切接触者医学观察工作流程图》立即开展流行病学个案调查，追踪病人的密切接触者。
每个病例流行病学调查原则上要由两名流行病学调查人员共同完成。同时，派出消毒专业人员到病家及病人其它滞留地点进行终末消毒。对病例进行个案调查时，尽可能由病人自己回答调查人员所提的问题，收治病人的医疗机构和医护人员要积极配合，并如实提供病人的相关诊疗资料。如病人因病情较重或已死亡，无法实施对病人的直接调查时，应通过其亲友、同事或其他知情人了解情况，完成调查。
（三）流行病学调查内容、程序和方法
流行病学调查内容包括病例的个案调查、密切接触者的追踪和实施医学观察。
1、病例的个案调查
通过个案调查，及时掌握病例的基本情况、发病经过、临床表现，以及感染来源和途径、污染范围等流行病学情况，确定密切接触者，进一步掌握疾病传播的可能线索，以利于及时对密切接触者采取隔离、医学观察等控制措施。
病例的个案调查按照《传染性非典型肺炎病例个案调查表》中确定的内容、程序开展调查。
2、密切接触者的追踪调查
密切接触者追踪，它主要追索可能受感染的人，是控制疾病扩散的重要环节之一。密切接触者追踪的关键在于细而全，要使用树状结构分析方法，从家庭、工作单位、医院、娱乐场所（网吧、Disco舞厅）、公共交通工具等逐级分解，从发病前二周到被诊断隔离之间所有时间轴线上的接触人员都列出清单，然后根据流行病学调查结果，确定密切接触者名单。
二、密切接触者医学观察
密切接触者是指护理过或探视传染性非典型肺炎病人，或与病人共同生活、直接接触过病人的呼吸道分泌液和体液的人员或与病人乘坐同一交通工具的密切接触人员。需进行医学观察的密切接触者，包括疑似病例、临床诊断病例的密切接触者，以及观察期满72小时仍不能排除传染性非典型肺炎可能的留院观察病例的密切接触者。区疾病预防控制中心应填写《密切接触者医学观察通知单》，通知镇卫生院（社区卫生服务中心）对该病人的所有密切接触者实施医学观察。
密切接触者医学观察期为自最后接触疑似、临床诊断或者留院观察病例之日起14天。
流行病学调查人员的医学观察工作由疾控中心负责，区镇医疗机构因诊治病人而发生的密切接触者（包括专家组成员），由密切接触者所在医院的防保科负责，观察期满，将观察记录报区疾控中心。
三、隔离治疗
传染性非典型肺炎分为留院观察病例、疑似病例及临床诊断病例三种类型，对上述三类病例采取相应的强制性隔离治疗措施。
四、消毒处理
