国土分局：负责编制、修订本区及镇乡（街道）土地利用总体规划和基本农田保护、土地开发等专项规划，并组织实施；负责本行政区域内的耕地保护工作，实施土地用途管制；负责基本农田保护、未利用土地开发、土地整理、土地复垦的监督管理；对非法占用耕地和超宅基地进行违法建设的行为进行查处；配合有关执法部门做好土地规划用途及地类的认定工作。
区城管大队：对未取得建设工程规划许可证且违法建设发生在直属分队管辖区域和杨宋镇、北房镇、庙城镇、桥梓镇、雁栖镇、怀北镇、汤河口镇、雁栖经济开发区等已设立城管分队地区的违法建设进行查处；对城管旅游景区分队管辖景区范围内的违法建设进行查处。
规划分局：对未设城管分队地区的违法建设进行查处；对已取得建设工程规划许可证、但违反许可证内容进行建设的违法建设进行查处；对违法建设负有责任的工程设计单位依法进行处罚，并将相关情况纳入“北京市企业信用信息系统”和“北京市建设行业信用系统”予以警示，同时自违法行为被查处之日起6个月至2年内禁止其在本区承揽业务。
区林业局：对擅自改变林地用途、侵占林地实施的违法建设进行查处。
区水务局：对在河道、湖泊管理范围及堤防和护堤上实施的违法建设进行查处。
工商分局：对利用违法建设从事经营活动的单位或个人，不予办理相关行政许可；已经许可的，在接到有关执法部门送达的函件后，依法予以纠正；配合有关执法部门对违法建设进行查处。
公安分局：对阻碍国家机关工作人员依法执行职务的行为进行处罚；对利用违法建设从事经营活动且未通过消防部门检查验收和开业前检查的，依法进行处罚；配合有关部门对违法建设进行查处。
区环保局：监督对生活生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；负责对违法违规建设进行环境评估，对违反环保法律法规的建设项目依法进行处罚。
怀柔自来水公司、怀柔供电公司等部门要按照《
北京市市容环境卫生条例》有关规定，对没有建设行政主管部门出具的施工许可证的单位或个人，一律不予提供服务；己提供服务的，在接到国土分局、规划分局、城管大队等执法部门的强制拆除通知后，在强制拆除实施前停止相关服务；如涉及国家或市、区级重点工程的，由区政府召开协调会议予以解决。
区监察局：加强对各镇乡及相关部门土地管理职责落实情况的监督检查。配合相关职能部门查处土地违法违规案件。对在严格土地管理、查处违法建设工作中思想不重视、措施不落实，推诿扯皮、玩忽职守，谎报、瞒报、拒报违法建设情况，放任、纵容、庇护违法建设的，严格按照有关规定，给予党纪政纪处分；涉嫌犯罪的，移送司法机关追究刑事责任。
其他部门职责按照《北京市怀柔区人民政府关于进一步明确部门职责加大违法建设查处力度的通知》（怀政发〔2005〕11号）和《中共北京市怀柔区委北京市怀柔区人民政府关于查处违法建设工作的意见》（京怀发〔2006〕17号）要求执行。
