留院观察病例的流行病学个案调查由区疾病预防控制中心负责；疑似病例、临床诊断病例的流行病学个案调查由区疾病预防控制中心会同市疾病预防控制中心进行；外籍人士和重点对象的流行病学个案调查由区疾病预防控制中心会同市疾病预防控制中心进行。
二、密切接触者医学观察
区疾病预防控制中心在对疑似病例、临床诊断病例进行流行病学个案调查时，应追踪调查该病例的所有密切接触者，由密切接触者所在的街道、镇社区卫生服务中心对其实施医学观察。
留院观察病例在观察期满72小时后仍不能排除非典型肺炎可能的，应对留院观察病例的密切接触者实施医学观察。
密切接触者医学观察期为自最后接触疑似、临床诊断或者留院观察病例之日起14天。
三、隔离治疗
留院观察病例处置：设置留观病房的医疗机构发现的留院观察病例应就地隔离治疗；未设置留观病房的医疗机构发现的留院观察病例用专用车辆转至区定点医疗机构进行隔离治疗。
疑似病例及临床诊断病例处置：由市定点医疗机构隔离治疗。
传染性非典型肺炎病人出院后，由其所在的街道、镇社区卫生服务中心按照对密切接触者医学观察的要求实施医学观察（医学观察期为14天）。
四、消毒处理
传染性非典型肺炎临床诊断病例、疑似病例和留院观察病例病人及其尸体、分泌物、排泄物污染的场所与物品，必须经消毒处理。
医疗机构内的消毒由医疗机构安排经培训合格的专职消毒人员负责实施；单位或家庭疫点的消毒，由区疾病预防控制中心或行业的疾病预防控制机构安排经培训合格的专职消毒人员实施，医学观察期间的随时消毒，由所在街道、镇社区卫生服务中心的专职消毒人员实施。
发生传染性非典型肺炎疫情后，各部门、各单位要对交通工具、宾馆饭店、公共娱乐场所和人群积聚场所等公共场所按消毒管理操作规程实行预防性消毒。
五、个人防护
接触传染性非典型肺炎临床诊断病例、疑似病例病人及其尸体、分泌物、排泄物、污水、污物的医务人员、流调人员、消毒人员以及其他工作人员，应做好个人防护工作。
消毒方法、个人防护方法按照《上海市传染性非典型肺炎消毒工作方案》执行。
