企业基础信息管理系统的操作主体主要是区内各行政许可和行政监督管理部门。鉴于目前企业基础信息管理系统的数据要求是行政许可信息及行政监管信息的发布、更新和交换，因此相关管理部门应具体明确二至四名经办人员，实施系统的操作、基本维护和数据录入工作。
三、企业基础信息管理系统建立初期各部门信息发布时限
各相关管理部门应根据工商部门提供的市场主体基础信息，在2004年11月30日前，将涉及本部门的市场主体（特指系统规定时间节点之前设立的）许可信息及监督管理信息进行对应的录入。
四、企业基础信息管理系统运行后信息发布更新时限
（一）工商部门应及时整理区内企业和个体工商户登记注册信息，并在其作出行政许可决定之日起，1个工作日内将有关市场主体基础信息录入（或导入）到数据库中，提供给相关管理部门。
（二）行政许可管理部门应在其作出行政许可决定，并在工商部门发布基础信息后，1个工作日内将所涉及到的许可信息录入（或导入）到数据库中；行政监督管理部门（包括工商部门）在其作出行政管理决定，并在工商部门发布基础信息后，5个工作日内将所涉及到的监管信息录入（或导入）到数据库中，进行发布和更新。
五、企业基础信息管理系统功能规划及具体规定
（一）行政许可。包含网上并联审批、许可信息维护及许可信息交换三部分功能。
1、网上并联审批（按原规定执行）。即将网上并联审批信息平台全面整合并入企业基础信息管理系统，凡在区内投资申办并涉及相关审批的企业和个体工商户，其设立和变更均实行网上并联审批。
2、许可信息维护。由工商部门整理企业和个体工商户登记注册信息，录入（或导入）到本系统，形成市场主体的基础信息。有关行政许可管理部门根据工商部门提供的企业和个体工商户基础信息查询对应的市场主体，将所对应的许可信息进行录入和修改。
有关行政许可管理部门应每日至少两次（上、下午各一次）登陆企业基础信息管理系统，查看工商部门提供的基础信息，在其作出行政许可决定并在工商部门发布基础信息之日起，1个工作日内将所涉及的许可信息进行发布和更新。
3、许可信息交换。各行政许可管理部门可根据市场主体基础信息，按照系统规定的统一格式标准将所涉及的企业和个体工商户的相关许可信息进行数据导入和导出，并在此基础上将企业和个体工商户的许可信息按照系统统一标准进行数据对应匹配。
