企业购进货物取得防伪税控系统开具的增值税专用发票，属于抵扣范围的，应按国税机关规定的时限申报认证；凡逾期未申报认证的，一律不得作为抵扣税款凭证，已经抵扣税款的，由国税机关如数追缴，并按《中化人民共和国税收征收管理法》的有关规定进行处罚；凡认证不符的，不得作为抵扣税款凭证，国税机关要查明原因，依法处理。
第十二条 加强农产品收购发票的管理
（一）企业使用收购发票要严格按照《广西壮族自治区国家税务局增值税一般纳税人使用收购发票管理办法》（桂国税发〔2001〕382号文）的规定执行。
（二）企业收购农产品必须使用由国税机关监制的收购发票。
（三）企业收购农产品需用收购发票的，可向国税机关申请领购，实行按月缴销、以旧换新或验旧换新制度。企业领购的收购发票不得转借、转让、代开，不得拆本使用。
（四）企业领购的收购发票限于本企业所在地的县（市）范围内发生收购业务时使用，不得跨县（市）区域使用和自行扩大收购发票的使用范围。企业收购不属于本办法第二条所确定农产品的，一律不得开具农产品收购发票。对购进外地生产的农产品的企业，要求企业在异地先开具收购码单，将出售人身份证号码、居住住址（生产地地址）、收款人姓名等信息登记造册，回生产经营地经主管国税机关实地核验后再自行开具收购发票。凡查实与企业所述情形不符的，则确定为向农业生产者以外的单位或个人购进农产品，可视为免税农产品按13%的扣除率计算进项税额，但不能开具收购发票，只能索取普通发票。
（五）企业从事收购业务时，应事先将收购的品种、单价、价格调整幅度、生产地、收购地等报主管国家税务机关备案。大幅度调整收购价格也应在调整前向主管国家税务机关报告。
（六）企业必须按下列规定填开和使用收购发票：
企业发生收购业务时，必须按规定全部一次性如实填写各栏内容，并加盖企业财务专用章或发票专用章。必须按日分户逐笔开具收购发票，不得多个出售人共开一张收购发票和汇总开具收购发票。所开具的收购发票应附有磅码单和验收入库单，发生运费的，同时应附有运费发票。但对收购业务较零散且繁多的企业，经主管国家税务局批准可汇总开具验收入库单。在填写收购发票各栏内容时，“出售人姓名”和“出售人身份证号码”必须填写出售人的真实姓名和身份证号码（或能证明出售人身份的证件号码），不得填写假名、化名、别名。凡开具和使用不符合规定的收购发票，一律不准作为抵扣税款凭证计算进项税额或免征增值税。
第五章 进项税额和销项税额的管理
第十三条 严格收购发票进项税额的抵扣管理。企业购进免税农产品准予抵扣的进项税额按照买价和13%的扣除率计算。这里所称的买价，包括纳税人购进免税农产品实际支付给农业生产者的价款（收购发票上注明的价款）。对企业收购过程中发生的不属于农产品买价的其他费用，不能并入买价计算进项税额。
