卫生部门 负责组织本部门相关单位和人员参加整治“两非”专项行动；负责对医疗保健机构出生实名登记、B超检查、施行终止妊娠手术以及相关管理制度落实情况开展专项检查和清理整治；负责加强对各级各类医疗保健机构的管理，完善相关制度，严厉查处医疗保健机构的“两非”案件；根据管理权限，依法对涉案的医疗卫生机构和人员进行严肃处理；与人口计生部门共同建立整治“两非”专项行动信息共享机制。
食品药品监管部门 负责组织本部门相关单位和人员参加整治“两非”专项行动；负责组织对药品批发和零售企业、个体经营户终止妊娠药物的销售管理情况开展专项检查和清理整治，加强对终止妊娠药品销售、使用单位的监管，完善相关制度，严厉查处非法经营销售终止妊娠药物等行为。
妇联部门 负责组织本部门相关单位和人员参加整治“两非”专项行动；会同人口计生、公安、卫生、食品药品监管等部门联合查处“两非”案件；发挥群众团体和组织网络优势，广泛深入开展以社会性别平等和关爱女孩为主题的宣传教育，发挥积极作用，依法保护妇女合法权益。
工商部门 负责组织本部门相关单位和人员参加整治“两非”专项行动；负责取缔无证诊所，无证B超窝点等无证经营场所。
驻黄各部队加强与地方政府的密切配合，在所属医疗机构及相关场所同步开展整治“两非”专项行动，加强对流动人口的服务管理。
四、时间安排
（一）部署阶段（2011年9月至10月）
1、安排部署。各地各有关部门对专项行动进行安排部署，制定下发专项行动实施方案，成立领导小组及办公室，启动整治“两非”专项行动。
2、宣传发动。各地各有关部门充分利用报刊、广播、电视、网络等媒体开展系列宣传活动，形成强大的专项整治声势。纪检、公安、计生、卫生、药监部门向社会公布举报电话，广泛发动群众举报违法行为，建立社会监督和舆论监督机制。
3、集中清查。各地各有关部门按照属地管理原则和职责分工，集中力量、集中时间清查案件线索。人口计生部门会同卫生部门对2011年出生人口情况、孕情监管情况、终止妊娠手术审批发放情况、计生服务机构B超、终止妊娠手术情况进行拉网式检查，对2011年以来信息共享平台和全员人口信息库反映的引产信息逐一核实比对，对2011年以来出具的《终止妊娠手术证明》进行清理复核，加强《终止妊娠手术证明》的管理。对符合生育条件规定，尚未生育的妇女，实行实名化管理。卫生部门、人口计生部门分别对医疗保健机构、计生技术服务机构2011年以来的B超检查、人流、引产登记簿及相关病历档案进行清查。药监部门对终止妊娠药品销售市场，终止妊娠药品进、销、存的登记管理和销售使用情况进行全面清查。
