（二）汇总缴纳企业所得税的计税方法
经批准汇总缴纳企业所得税的纳税人，企业所得税由总机构统一汇总申报缴纳。
三、发票管理问题
对汇总缴纳增值税的连锁企业，由总店统一领购增值税专用发票和普通发票，并统一使用开具；对取得的增值税进项税额发票统一由总公司向其所在地主管税务机关认证、抵扣。
四、汇总缴纳税款的审批程序
申请汇总缴税的连锁企业，应向主管税务机关办税服务厅综合服务窗口申报办理，并提供下列资料：
1．纳税人统一汇总申报缴纳税款书面申请；
2．沈阳市超市连锁业办公室审批的《沈阳市连锁经营企业认定表》；
3．现存连锁企业总机构及若干连锁企业分支机构工商营业执照（副本）税务登记（副本）；
4．纳税人上一年度增值税纳税申报表、年度会计报表；
5．连锁经营企业增值税纳税情况报告表（见附表一、二、三）；
6．连锁经营企业实行“三统一”规范化管理办法。
办税服务厅综合服务窗口对申报资料初审后，于次日移送综合业务科。
综合业务科对汇总缴税申请资料进行调查核实，出具调查报告并提出意见，经局长批准后以公文形式上报市国税局审批。
纳税人分别申请汇总缴纳增值税、企业所得税，由市局流转税管理处、企业所得税处分别审查，报重大税务行政审批项目集体审批委员会批准。如共同申请汇总缴纳增值税和企业所得税，则由流转税管理处受理，两处会签审查，报重大税务行政审批项目集体审批委员会批准。
五、外商投资企业所得税汇缴问题
采取汇总或合并申报缴纳所得税的企业的总机构或营业机构（以下简称汇缴机构），应在每年5月31日前，向汇缴机构主管税务机关索取《外商投资企业和外国企业汇总或合并申报企业所得税证明》，并应在6月30日前将该证明及其年度申报表和会计报表送达其分支机构或营业机构（以下简称营业机构）所在地主管税务机关。
在上述规定期限内未向营业机构所在地主管税务机关提供汇缴机构所在地主管税务机关出具前述已汇总申报的证明，且又无延期申报批准文件的，由营业机构所在地主管税务机关负责检查核实或核定该营业机构应纳税所得额，并结合税收法律法规规定的税收待遇，计算应补税额、就地征收及实施处罚；但企业汇总申报处于亏损年度或免税年度的，应由营业机构所在地主管税务机关书面通知汇缴机构所在地主管税务机关进行统一税务调整处理。
外商投资企业所得税的汇缴由沈阳市国家税务局重大税务行政审批项目集体审批委员会批准。
