对经审核不符合自开票纳税人条件的，退回纳税人，并告知其原因。
（2）对新办提供货物运输劳务的单位，应按以下程序办理认定手续：
新办的提供货物运输劳务的单位，凡符合自开票查定征收纳税人条件，注册资金在30万元以上的，可在办理税务登记的同时向主管地方税务机关申请办理自开票查定征收纳税人认定手续。但必需设立新办企业自开票纳税人认定“申请考核期”。
即新办企业纳税人提出自开票纳税人认定申请的，申请时间需超过申请考核期。申请考核期为自税务登记日起企业经营的一定期限，自开票纳税人认定的申请考核期为一年。
对于有特殊情况的新办企业。经主管地方税务机关局长办公会批准，可建立辅导期机制，即对符合条件的新办企业进行资格审批，但需要进行辅导。在辅导期内，对新办企业实行最低限额限量供票，辅导期结束后，主管地方税务机关对其在辅导期内的实际经营、财务核算、发票使用和保管以及申报纳税等情况进行审查评估，无问题后正常供票。
（二）货运自开票查定征收纳税人的年审
主管地方税务局应对原已认定为自开票查定征收纳税人实行年度审验制度（以下简称年审）。
自开票查定征收纳税人的年审时间、年审内容、年审程序及年审结果与自开票查账征收纳税人的年审相同，可参照执行。
（三）取消自开票查定征收纳税人资格
对取消自开票查定征收纳税人资格的认定工作，由各县（区）级主管地方税务局审批办理。
具体规定与取消自开票查账征收纳税人资格相同，可参照执行。
凡被取消自开票查定征收纳税人资格的纳税人，一年内不得再重新申请认定自开票查定征收纳税人。
四、关于物流劳务的征税问题
①利用自备车辆提供运输劳务的同时提供其他劳务（如对运输货物进行挑选、整理、包装、仓储、装卸搬运等劳务）的单位（以下简称物流劳务单位），凡符合规定的自开票纳税人条件的，可以认定为自开票纳税人。
②自开票的物流劳务单位开展物流业务应按其收入性质分别核算，提供运输劳务取得的运输收入按“交通运输业”税目征收营业税并开具货物运输业发票；提供其他劳务取得的收入按“服务业”税目征收营业税并开具服务业发票。凡未按规定分别核算其应税收入的，一律按“服务业”税目征收营业税。
