第十六条 要深化管理体制改革，建立绩效管理、滚动发展的运行机制；探索并建立有利于凝聚学术队伍的人事管理机制；建立有利于科技创新的科研管理机制，有利于学科资源共享的机制，有利于提高质量的人才培养机制，有利于整合资源、优化组合、突出优势的学科组织机制，有利于学术发展的科学评价机制。
第四章 经费管理
第十七条 省财政设立重点学科建设专项补助经费，主要用于省直属高等学校的强化建设重点学科和国家重点学科；对“十一五”期间进入国家重点学科的省境内重点学科，给予奖励支持。
第十八条 建设单位是学科建设经费的投入主体，每年的学科建设经费要列入单位年度预算。学科要通过科技开发、社会服务等方法多渠道筹措建设经费，使每个强化建设的重点学科5年的建设经费理工农医类不低于500万元，人文社科类不低于300万元；使每个省级重点学科5年的建设经费理工农医类不低于200万元，人文社科类不低于100万元。管理学学科及应用性较强的学科如心理学等可参照理工农医类学科标准投入。
第十九条 重点学科建设经费由单位财务部门单独明细核算，专款专用，学校不得提取管理费。其中用于硬件建设部分（如：购置仪器设备、先进软件、图书资料等），理工农艺类学科不低于70%，人文社科类学科不低于50%。学科用于人才队伍建设的经费要有年度预算，根据学科具体情况每个学科每年安排5至20万元。
第二十条 重点学科建设经费的使用以提高使用效益和建设质量为前提，在国家财务制度允许的范围内尽量减少管理层次和繁杂手续。审计部门应加强审计与监督。
第五章 检查评估
第二十一条 省重点学科在建设期内实行年度报告、中期评估、期末验收制度。
第二十二条 建设单位每年年底对本单位省重点学科进行年度检查，填报《山东省十一五重点学科年度报告》，主要内容包括：建设规划执行情况，如队伍建设、科研进展、设备购置、经费使用等；重大学术活动情况；规章制度制定和执行情况（包括经费管理制度、仪器设备有偿使用制度、图书资料室规章制度、研究人员聘任与内部分配制度等）；科技开发和成果转化情况 （包括合作单位与合作方式、解决的具体问题、产生的社会经济效益）等。
