4、创新基金鼓励、优先支持产、学、研的联合创新，优先支持具有自主知识产权、高技术、高附加值、能大量吸纳就业、节能降耗、有利环保及出口创汇的各类项目。
四、创新基金的使用方式
根据科技型中小企业和项目的不同特点，创新基金分别以贷款贴息、无偿资助、资本金投入等不同的方式给予支持。
1、对以具有一定水平、规模和效益的创新项目，原则上采取贴息方式支持其使用银行贷款，扩大生产规模，一般按贷款额年利息50%-100%给予补贴。
2、对科技型中小企业技术创新中产品研究开发及中试阶段、科研人员携带科技成果创办企业进行成果转化的给予无偿资助。
3、对少数起点高、具有较广创新内涵、较高创新水平并有后续创新能力，有望形成新兴产业的项目，采取资本金投入方式。资本金投入以引导其它资本投入为主要的，数额一般不超过企业注册资本的20%，可以依法转让，或者采取合作经营的方式在规定的期限内依法收回投资。
五、创新基金的申请和审批
1、申请企业申请材料包括：科技型中小企业创新基金项目申请书、项目可行性研究报告以及有关专家对论证意见、企业法人营业执照（复印件）、企业年度及最近一个月的会计报表以及可以说明项目的技术情况的证明文件，以上材料于每年4月底前上报同级科技主管部门出具推荐意见，报市级科技主管部门。符合中央创新基金支持条件的项目，地（市）财政要在地市创新基金中相应落实一部分配套资金。
2、科技主管部门按照基金的使用范围和条件，在初步审查的基础上，会同财政部门共同评审后，联合下达支持项目计划。
六、创新基金拨款程序
列入支持项目计划的，根据企业和科技主管部门签定的项目合同，由地（市）县财政部门分批将拨付项目单位。首次拨付资金的90%，待项目完成并验收后再拨付其余的10%。
七、项目监督和管理
1、创新基金实行合同化管理，由科技主管部门与项目企业签定合同，负责对支持的项目进行监督、检查和管理，监督的内容包括：资金到位及使用情况、合同计划进度执行情况以及项目完成的质量。如发现企业有严重违约行为，将立即终止合同，并进行项目财务清算，收回剩余经费。项目企业应自觉教授科技部门的监督和管理，并向科技部门、财政部门定期报告项目情况。
2、项目合同到期后二个月内，由项目单位向科技主管部门提出创新基金项目验收申请；验收时根据项目完成情况做出结论，对没有完成合同目标，差距较大的项目不予通过验收。
