（一）建立浦东新区合作医疗管理委员会，由区政府分管领导任主任，区政府办公室、社会发展局、农村发展局、劳动保障局、财政局等有关部门为成员单位；下设办公室（与浦东新区初级卫生保健委员会办公室合署办公），负责具体工作。
新区合作医疗管理委员会的职责：指导、协调、监督农村合作医疗制度的实施，审核财务收支和年度结算，向同级政府及市主管部门报告工作。新区合作医疗管理办公室的职责：统一管理全区的农民大病基金统筹和医疗费高额补助，检查和指导各镇合作医疗管理办公室的工作，总结经验，交流信息，开展宣传教育。
（二）各镇相应调整合作医疗管理组织（统称合作医疗管理委员会），由镇长任主任，成员由镇卫生、财税、农业、工业、宣传等部门的负责人组成；下设办公室，可与镇初级卫生保健委员会办公室合署办公，具体负责全镇合作医疗和初级卫生保健的日常管理工作。
镇合作医疗管理委员会的职责：指导、协调、监督镇合作医疗制度的实施，审核财务收支和年度结算，向同级政府和主管部门报告工作；镇合作医疗管理办公室的职责：负责基金管理及医疗费用补助等具体工作，督促、检查村卫生室工作；关心乡村医生的工作、学习和生活；定期向上级部门汇报工作。
（三）合作医疗经办机构的人员和工作经费列入同级财政预算。
三、合作医疗基金的筹集
合作医疗基金筹集标准：
（一）个人缴纳部分：按每人每年不低于上一年全镇农民人均收入3%左右缴纳。三资企业的农民职工和外出工参加户口所在地合作医疗制度，执行当地的政策和标准。对于经村委会认定为经济困难而无力支付合作医疗经费的，由村委会或镇政府为其缴纳合作医疗资金，将其纳入合作医疗保障体系。对于自2002年1月1日后出生的农村人口自动登记为居民、16岁以下农民可自愿转为居民的，允许纳入合作医疗，由其家长承担村集体缴纳部分。
（二）村集体缴纳部分：由村从集体公益金中提取5-7%的经费用于合作医疗补助。
（三）企业缴纳部分：镇村企业、私营企业、三资企业和股份制企业，按本企业参保职工年计税工资标准的3-4%缴纳。对于同时参加镇保和合作医疗的农民职工，所在企业不再为其缴纳合作医疗基金，该部分资金通过提高参保职工个人出资比例和加大镇政府投入比例予以解决。
（四）政府扶持部分：区财政按新区在册农业人口数每人每年30元的标准扶持区级合作医疗大病基金，用于区级农民大病、重病的高额补助；按每人每年50元的标准资助镇级合作医疗基金，用于各镇合作医疗基本补贴。对于参加镇保同时参加合作医疗的人员，区政府不再给予每人每年30元的区级大病补贴，但仍给予每人每年50元的镇级合作医疗基金补贴。
