第十二条 县（区、市）财政部门要根据试点公立医院前两年的药品、医用耗材采购量核定药品周转金。
第十三条 建立绩效考核奖补机制。为充分调动公立医院的积极性，建立必要的激励机制；在预算执行中可采取先预拨后考核的办法，保障公立医院正常运转。年终前按照《医院财务会计制度》的有关规定，通过对医院服务数量、服务质量、成本控制、均次门诊和均次住院费用等指标体系进行考核，按照相应的考核结果兑现绩效奖励补助。
第十四条 逐步清理化解公立医院债务。按照“明确期限、核实债务、分级负担”的原则，除国家、外国政府援助用于医院医疗服务能力建设的有偿资金按有关规定执行外，对截止2010年底前用于试点医院医疗服务能力建设形成的债务要认真审核，对锁定的债务由同级政府和公立医院共同承担，按照先后顺序逐年化解。公立医院承担的偿债资金一并纳入收支核定项目中。
第十五条 规范公立医院举债管理。试点公立医院要加强财务风险管理，原则上不得擅自借（贷）资金，如发展中确需借（贷）资金的必须由县卫生行政主管部门和财政部门报请同级人民政府审批，按照权责相统一的原则，所需偿债资金由同级政府偿还。
第十六条 改革基本医疗保障付费方式，由基本医疗保障经办机构与试点公立医院通过谈判方式确定服务范围、支付方式、支付标准和服务质量要求，推行按人头付费、按病种付费、总额预付等多种支付方式，提高服务质量，控制医药费用不合理增长。
第十七条 试点公立医院应在确保医疗服务质量的前提下，制定成本计划，建立健全成本定额管理制度、费用审核制度等，按照成本定额、成本计划和成本费用开支标准，对成本形成过程中的耗费进行控制。对成本费用中发生的不合理开支，财政不予以核定。省卫生厅、省财政厅另行制定控制成本的管理办法。
第十八条 试点公立医院应建立全新的现代化医院管理模式，健全各项规章制度和岗位职责。要按国家有关规定设立会计师岗位，严格执行《医院财务制度》和《医院会计制度》，严格经费预算和收支管理，实施成本核算与控制。加强医院经济运行和成本绩效分析，提高资源利用效率。
