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重点支持重大装备的关键基础件、通用部件的设计制造及批量生产技术，设备功能安全技术，装备绿色再制造技术，模具数字化设计与制造，高档数控机床，大型发输变电成套装备，重大工程用智能化测控仪表，基于工业以太网的仪器仪表，大型无损检测成套设备，轨道交通装备，污水处理、垃圾处理等环保成套装备设计与产业化的研究开发。
（6）新材料
重点支持高性能镁合金，先进铝合金，车用高性能钢材，半导体照明材料，新型生物降解聚合物，车用轻质材料，高性能纤维与复合材料，新型环境防护材料，粉末冶金技术及新材料，新型润滑材料，特种功能材料及元器件，新型建筑材料制备和加工等技术的研究开发。加强镁合金等材料领域的应用基础研究。
（7）电子信息
重点支持汽车传感器及汽车电子产品，嵌入式软件，光电子元器件及微机电系统（MEMS），高性能模拟集成电路设计与制造，数字传媒与娱乐，TD-SCDMA新型移动通信与新一代移动通信终端，高效密码的分析与设计和信息隐藏，电子商务与现代物流，电子政务与综合服务系统，制造业信息化工程，农业信息化应用等技术的研究开发。加强网络安全与下一代互联网技术等方面的应用基础研究。
（8）医药卫生
重点支持生物及多肽药物，新化合物及合成新药，新型给药技术，中西医结合医疗技术，道地中药材规范化种植与深加工，中药新药研制与质量控制，新型医疗器械，新型医用材料，临床新技术、新方法，典型疾病快速诊断，地方病、重大传染病防控等技术的研究开发。加强严重创伤救治与损伤组织修复、医药生物技术等方面的应用基础研究。
（9）环境保护
重点支持水污染综合防治与生态环境修复，小流域污染综合防治，持久性有毒有机污染物对人群健康的影响及防治，面源污染控制，畜禽污染综合防治，燃煤污染综合控制，废弃物资源化利用技术及装备，环境污染物分析监测，环境噪音控制等技术的研究开发。加强水环境和大气环境污染形成过程与控制等方面的应用基础研究。
（10）资源能源
重点支持工业高效节能，天然气精深加工，煤层气开发与综合利用，天然气和水、煤浆重整技术，煤炭洁净利用，可再生能源开发利用，铝、锰、钡、锶等优势矿产资源环保开发和综合利用，重要资源能源替代技术，水循环利用和节水型生产工艺等技术的研究开发。加强电网安全、煤矿安全等领域的应用基础研究。
（11）交通与城建
重点支持智能交通系统，山区高等级公路建设与养护，桥梁和隧道安全监控与处治，港口码头修筑、航道整治，山地城市规划与建设，基础设施及城市地下管网安全保障，建筑节能，绿色建材，城市数字化等领域的技术研究开发与应用。
（12）公共安全
重点支持一体化公共安全应急指挥平台，矿山安全生产及灾害预警与防控，火灾的防控与救援，有毒有害物质泄露等工业事故的防控与救援，山地区域与城镇山洪灾害的防治，库区城市搬迁诱发地质灾害的防御与治理，气象灾害及次生灾害发生规律及预报，食品安全的监测检验等方面的技术研究开发。
2．重大专项
（1）水稻玉米良种创新
主要研究开发内容：水稻重要性状的基因定位、克隆等分子育种技术，创制优质、多抗、配合力强、繁殖制种产量高的不育系和恢复系，利用优质、高产、抗病的优异新材料结合双列杂交技术等进行广泛配组，筛选适合重庆市特殊生态环境的优质高产抗病新组合；玉米种质资源的搜集与鉴定，基础群体的重组与改良，选育和改良玉米自交系，进行玉米杂交新组合组配与优势组合筛选。
到2010年，选育优质、恢复力强、配合力好的水稻恢复系3-5个，育性稳定、优质、抗性强、高异交率、高配合力不育系2-3个，优质专用水稻新品种（组合）5-8个，杂交水稻累计推广1000万亩，其中新审品种推广200万亩。选育玉米新自交系2-3个，杂交玉米种5-7个，杂交玉米累计推广700万亩，其中新审品种200万亩。
（2）畜牧良种繁育与健康养殖
主要研究开发内容：优良地方畜禽特色资源收集、整理与利用；应用基因标记辅助选择技术，选育新型育种模式的生猪新品系和配套系；筛选优质抗逆和功能食品型肉牛杂交组合；高产奶牛核心群繁育体系建设；优良地方山羊品种选育；南方优质高产青贮饲草品种筛选；新型安全、优质、高效饲料添加剂和兽药研发；主要家畜健康养殖关键控制技术与集成示范；粪污无害化处理和资源化利用关键技术。
到2010年，选育猪专门化配套系和山羊优良地方品种各1-2个，建成单产7000千克以上的奶牛核心群2-3个，筛选优质肉牛杂交新组合2-3个，研发新型饲料和添加剂3-5种，建立生猪、肉牛、奶牛和山羊健康养殖示范区各5-10个，建立我市稳定的饲草料平衡技术体系和奶牛DHI管理体系。
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