受益范围跨越两个以上行政区域的水利工程，由其共同的上一级人民政府水行政主管部门或者该部门委托的单位负责管理。
第十五条 灌区水利工程的干渠、支渠由水利工程管理单位负责管理；斗渠、农渠、毛渠由受益范围内的村民委员会、村民小组或者农民用水合作组织（用水户协会）负责管理维护，并申请和协调农业灌溉用水、向用水户收取水费以及按照合同向灌区管理单位支付水费。
第十六条 自治区按照促进节约用水、降低农民水费支出、保障灌排工程良性运行的原则，推行农业水价综合改革，农业灌排工程运行管理费用由财政适当补助。
公益性水利工程和准公益性水利工程的公益部分，不得从事经营性活动。经营性水利工程，供水价格要按照补偿成本、合理收益、节约用水、公平负担的原则核定，对农业用水和非农业用水应当区别对待，分类定价。
第十七条 水利工程管理单位应当按照有关规定配备相应的专业技术人员。
第十八条 公益性水利工程和准公益性水利工程的公益性部分，其管理、养护、维修以及更新改造经费由负责管理的水行政主管部门的本级人民政府按照国家有关规定纳入财政预算。
经营性水利工程的管理、养护、维修以及更新改造经费主要由该工程的所有者、经营者承担。
第十九条 水利工程实行安全运行责任制度。
县级以上人民政府按照水利工程的管理权限对水利工程安全运行负领导责任。
县级以上人民政府水行政主管部门按照水利工程的管理权限对水利工程安全运行负行政管理责任。
水利工程管理单位和水利工程所有者、经营者对管理和经营的水利工程安全运行负直接责任。
第二十条 水利工程管理单位应当建立健全管理制度，并按照有关技术标准对水利工程进行安全监测管理。
第二十一条 因防汛、抗旱、水利工程险情、维持生产生活等需要应急调度水资源的，水利工程管理单位或者水利工程所有者、经营者应当服从防汛抗旱指挥机构的统一调度。
