指挥部各成员单位职责如下：
省卫生厅：负责组织制定突发公共卫生事件防控技术方案；统一组织实施应急医疗救治工作和各项预防控制措施，并进行检查、督导；根据预防控制工作需要，依法提出隔离、封锁有关地区的建议；按规定发布突发公共卫生事件信息；负责组织全社会开展爱国卫生运动。
省委宣传部：组织广播影视、新闻出版单位，及时报道突发公共卫生事件信息，积极主动地正确引导舆论，加强突发公共卫生事件应急处理的宣传报道、危机心理干预和普及防病知识。
省新闻办：组织安排突发公共卫生事件及应急处理情况的对外新闻发布，必要时组织新闻发布会或中外新闻媒体采访；跟踪境外舆情，及时对外澄清事实，主动引导舆论；加强网上新闻报道的管理和引导。
省发展改革委：负责突发公共卫生事件应急处置基础设施项目建设经费的保障。
省旅游委：组织旅游行业认真做好突发公共卫生事件的预防和应急处理工作；在突发公共卫生事件发生期间，组织全省旅游企业做好旅游团队及人员的宣传、登记、观察工作，防止突发公共卫生事件在海内外旅游团队中发生和跨地区传播扩散；通过国家旅游局联系驻外旅游办事处等渠道，及时收集世界旅游组织和主要客源国的反映，有针对性地做好有关工作。
省农业厅：负责动物疾病的防治工作，开展与人类接触密切的动物相关传染病的检测和管理工作。
省工业和信息化厅：负责组织应急疫苗、药品、医疗设备和器械、防护用品以及生活必需品的生产和调度，保证供应。
省财政厅：安排突发公共卫生事件应急工作所需经费，并做好财政资金的监管。
省人力资源社会保障厅：会同有关部门落实好参与突发公共卫生事件应急处理工作人员的工伤待遇政策。
省教育厅：与卫生行政部门密切配合，组织实施学校的突发公共卫生事件控制措施，防止突发公共卫生事件在校内发生，做好在校学生、教职工的宣传教育和自我防护工作。
省公安厅：协助卫生行政部门依法落实人员留置调查、强制隔离、控制区域（疫区）交通管制与封锁等措施。密切关注与疫情有关的社会治安动态，与卫生行政等有关部门密切配合，依法、及时、妥善处置与疫情有关的突发公共卫生事件，查处打击违法犯罪活动，维护社会稳定。
省民政厅：组织指导做好受灾群众的转移安置工作，组织协调做好受灾困难群众基本生活救助以及遇难人员亲属抚慰工作，组织指导开展社会捐助工作。
省国土环境资源厅：负责组织环境质量监测与环境保护监督执法，维护环境安全。
省交通运输厅：协助卫生行政部门对乘坐公路、水路等交通工具的人员进行交通检疫、查验工作，防止传染病通过交通运输环节传播。确保突发公共卫生事件处置人员以及防治药品、器械等急用物资和有关标本的运送，做好疫区公路、水路交通管理工作。
省商务厅：在突发公共卫生事件发生期间，负责做好生活必需品市场监测，组织协调生活必需品市场供应，保障市场平稳运行；组织做好参加经贸跨区域活动人员的宣传、登记、观察工作，防止突发公共卫生事件在经贸活动期间跨地区传播扩散。
省科技厅：根据实际情况和需要，制定突发公共卫生事件应急防治技术研究方案，组织科研力量开展应急防治技术科研攻关，统一协调、解决检测技术、药物、疫苗研发和应用中的科技问题。
省海洋渔业厅：负责水生动物疫病的防治工作，开展与人类接触密切的动物相关传染病的监测和管理工作。
省外事侨务办：协助做好突发公共事件应急处理的相关涉外事务；配合职能部门做好向相关国际组织和有关国家、地区通报情况及争取国际援助等方面工作。
省农垦总局：配合地方政府及有关部门做好垦区突发公共卫生事件应急处理的各项工作。
省林业局：组织开展陆生野生动物疫源疫病的监测与防控、基础调查和配合农业部门采集样品及保存；在突发公共卫生事件发生期间，组织快速隔离控制、配合农业部门病样采集、组织专家分析和提出有关野生动物活动范围和趋势等预警信息。
省工商局：维护市场经营秩序。
省质监局：加强应急物资生产过程的质量监督管理，确保产品质量；加强食品生产领域质量监控，确保食品加工生产质量卫生安全。
海南出入境检验检疫局：组织做好发生突发公共卫生事件时国境口岸的出入境卫生检疫、传染病监测、卫生监督和卫生处理工作，及时收集和提供国外传染病疫情信息。
省通信管理局：负责组织、协调各电信运营企业为突发公共卫生事件应急处理（包括报告）提供通信保障工作。
省食品药品监管局：在职责范围内组织开展餐饮服务环节食品安全事故的查处，做好应急救援工作的组织协调和配合；负责突发公共卫生事件应急处理药品、医疗器械生产等的储备和监管。
省物价局：加强相关药品和医卫材料价格监测和检查，必要时按照《
价格法》规定采取价格临时干预措施，保持物价稳定。
省红十字会：组织群众开展现场自救和互救，根据突发公共卫生事件的具体情况，向省内外发出呼吁，依法接受组织和个人的捐赠，提供急需的人道主义援助。
粤海铁路有限责任公司：负责配合当地卫生防疫部门组织对进出火车站的旅客和协调铁路内部单位对乘坐火车的人员进行检疫、查验工作，对发现的传染病人和疑似传染病人配合做好移交指定的医疗机构处理，防止传染病通过铁路运输的环节传播。确保铁路安全通畅，确保突发公共卫生事件处置人员以及防治药品、器械等急用物资和有关标本的运送，做好疫区的铁路交通管理工作。
