发生特别重大、重大高致病性禽流感疫情时分别确定为特别严重和严重预警；由地区兽医主管部门和疫情发生地县级兽医主管部门向疫情发生地发出预警，并由地区兽医主管部门向发生疫情地的周边县及经评估与疫情存在关联的县和毗邻地区发出预警。根据地区兽医主管部门预警或疫情发生地兽医主管部门的疫情通报，毗邻县可启动应急响应。
3.2.2 一般预警
发生一般高致病性禽流感疫情，确定为一般预警；由地区兽医主管部门和疫情发生地县级兽医主管部门针对疫情发生区域发出预警。
4 应急指挥系统和部门分工
4.1 应急指挥机构组成及职责
地区应急指挥部的组成：地区重大动物疫病防治工作指挥部为地区高致病性禽流感应急指挥部。指挥长由行署分管副专员兼任，副指挥长由地区兽医主管部门主要领导兼任，成员由工商、商务（经贸）、卫生、财政、发改、交通、农机、公安、武警、城管、林业、环保、质监、监察、广电等部门负责人组成。
地区应急指挥部的主要职责：认真贯彻执行国家有关防治高致病性禽流感的法律、法规、国家标准、行业标准和技术规范；组织协调和部署全区高致病性禽流感防治工作；指挥扑灭一、二级疫情；监督、指导县（市、区）和乡（镇）扑灭三级疫情。
地区应急指挥部下设办公室，办公室设在地区兽医主管部门，主任由地区兽医主管部门主要领导兼任。
办公室主要职责：负责指挥部日常工作；负责收集、分析疫情及发展态势，报告疫情；负责向指挥部提出调配疫情处理和损失补助的资金、物资的方案和建议；负责组织、协调各有关部门落实本预案；提出启动、停止（解除）一、二级疫情控制应急处置措施建议；完成上级交办的任务。
地区应急指挥部组织有关专家组成地区高致病性禽流感防控专家组，负责高致病性禽流感疫情现场诊断并提供初步诊断结论、应急处置技术方案和建议。专家组初步诊断结论和省级实验室的检测与诊断结果作为地区应急指挥部进行疫情应急处置的依据。
4.2 地区应急指挥部成员单位部门分工及职责
4.2.1 地区兽医主管部门职责
（1）在行署统一领导下，认真贯彻执行动物防疫法律法规、方针政策、计划和技术规范，做好全区动物疫病防控和动物卫生监督工作。
（2）研究制定全区高致病性禽流感防控计划并组织实施；建立和完善动物疫情监测网络和预防控制体系。
