地区级医院住院补偿起付线500元，超出部分按30%补偿；
地区级以上医院住院补偿起付线1000元，超出部分按25%补偿。
2、封顶线：是指给予一个参加农牧区合作医疗农牧民住院费的最大补偿额度。
我县封顶线定为15000元。
第二十四条 凡参加新型农牧区合作医疗的农牧民在一年内未到定点医疗机构就诊的，可在乡（镇）卫生院享受一次免费体检，并将合作医疗个人账户节余资金全部结转下一年度个人帐户，仍归个人使用，但不能抵缴下一年度个人集资款。农牧民个人账户资金用完后，在各定点医疗机构就诊时仍然享受门诊减免。
第二十五条 凡参加新型农牧区合作医疗的农牧民需要转诊者，实行逐级转诊审批制度。经县、乡新型农牧区合作医疗管理办公室审批后方可转诊，详细规定按《巴里坤县新型农牧区合作医疗转诊制度（试行）》执行。未经批准转诊者住院费用在原报销基础上下浮30%。已参加其他商业保险险种人员，经审核符合报销条件者，可使用发票复印件按比例报销住院费用。
第二十六条 参加新型农牧区合作医疗的农牧民在外出务工期间的住院医药费一律按20%给予报销。
第九章 监督管理
第二十七条 县、乡两级新型农牧区合作医疗监督委员会，定期监督检查农牧区合作医疗实施中的资金管理使用及大病救助情况，每年由审计部门审计合作医疗财务帐目及报销情况，并予以公示。
第二十八条 每季度由乡合管办将住院统筹资金的使用情况张榜公布，接受广大群众的监督。
第二十九条 县新型农牧区合作医疗管理办公室会同卫生、财政、审计部门人员组成督查小组，每季度对各乡新型农牧区合作医疗实施情况及资金管理进行督查。
第三十条 建立举报投诉制度，由县、乡两级管理办公室和监督委员会指定专人负责调查处理。
第十章 奖惩
第三十一条 自治县合作医疗管理委员会对各乡镇场区新型农牧区合作医疗工作进行考核。对于认真执行合作医疗制度，工作成绩突出的单位和个人，由自治县合作医疗管理委员会予以表彰和奖励。
第三十二条 各乡镇卫生院因追求经济效益对不应住院而进行住院治疗，增加合作医疗开支或患者负担，超支部分由乡镇卫生院负担，并追究主要负责人的责任，不按照医疗操作常规或不负责任造成医疗事故者，按照《
医疗事故处理条例》规定执行。
