县合作医疗管理委员会职责：负责全县新型农牧区合作医疗有关组织、协调、管理和指导工作。
监督委员会职责：负责监督全县农村合作医疗基金收缴、使用、预决算以及补偿兑付等各项制度的执行情况，对违纪违规或违法行为组织调查并提出处理意见；检查县、乡新型农牧区合作医疗管理办公室补偿兑付工作情况，对各单位服务态度、服务水平、办事效率等方面进行监督；监督检查合作医疗基金收支、帐目使用定期公布情况。
县合管办职责：负责制定年度合作医疗工作方案及各项规章制度；合作医疗基金的使用和管理；监测医疗服务质量及费用；农牧民住院医药费发票的审核报销；对乡（镇）合作医疗经办机构实施监督与管理；对合作医疗管理人员进行培训和考核；定期向县合作医疗管理委员会汇报工作。
乡（镇）合作医疗管理委员会职责：负责筹集乡镇及农牧民的合作医疗基金；执行县合作医疗管理委员会各项规章制度；对村级合作医疗管理人员进行培训和考核。
乡（镇）合管办工作职责：协助筹集农牧民的合作医疗基金；监督村卫生室的卫生服务，管理村级合作医疗运转；收集有关信息。
第三章 医疗服务机构
第六条 巴里坤县新型农牧区合作医疗定点医疗机构由自治县新型农牧区合作医疗管理委员会确定公布，已确定的定点医疗机构为：
村 级： 各村卫生室
乡 级： 各乡镇场区卫生院
县 级： 县人民医院、妇幼保健所、红星一牧场医院
地区级： 地区中心医院、地区红星医院、吐哈石油医院
地区级以上：新疆医科大学第一附属医院、自治区人民医院
第四章 参加对象及权利义务
第七条 本县农牧区农牧民所有家庭成员为新型农牧区合作医疗参加对象。
第八条 权利：享受合作医疗卫生服务和门诊、住院补偿，监督合作医疗基金的使用。
第九条 义务：自觉遵守和维护合作医疗各项管理办法和制度，按期足额缴纳合作医疗基金，凭《农村合作医疗证》就诊， 妥善保管《农村合作医疗证》，不得转借他人使用。
第五章 资金筹集
第十条 新型农牧区合作医疗基金是由农牧民自愿缴纳、集体扶持、政府补助的民办公助社会性资金。
