审计部门：负责在对各行政企事业进行检查、审计时，把接受发票情况作为检查、审计的一项重要内容，发现有“问题”发票报销入账的，及时将检查结果向地税部门反馈，并对地税部门传递的有问题发票进行调查核实。
监察部门：负责对各行政企事业单位发票监控查询系统的日常工作进行督促、监督；对落实本实施方案不力的行为进行监督和检查；对不按规定录入信息的行政事业单位进行监督整改；并对发票信息录入和比对过程中发现的利用发票涉嫌违纪违规行为进行查处。
地税部门：负责发票查询系统发票信息的组织录入、宣传辅导、业务指导和采集信息的导入工作；对发票信息录入比对过程中发现的，利用发票偷税或制售假发票的行为，按规定程序进行调查、核实和处理；负责对推行发票查询系统过程中确认的，已处理的有问题的发票或有问题的行为向有关部门进行报送和传递；负责对各类企业单位、个体工商户领购、开具、接受发票信息进行导入和录入工作；负责建立发票查询系统，并负责对其进行日常维护和管理。
三、工作范围
发票查询系统的推行应用，按照“全面采集、集中比对、多途径查询”的原则，在以下范围内推行：
（一）依法向主管地税机关领购、保管和开具发票的纳税人，各级地税机关、委托代开发票单位（以下简称“开票人”）。
（二）依法接受各种地税发票的单位和个人，包括各类纳税人、各级行政企事业单位、社会团体、驻巴部队（包括武警）、兵团农牧团场等（以下简称“受票人”）。
四、工作步骤及要求
（一）工作步骤
1、2006年11月，对发票查询系统进行大力宣传，适时召开动员大会，并举办推行发票查询系统培训班。
2、2006年11月1日-11月30日，对2002年1月1日-2006年9月30日期间地税部门的发票领购、发售信息（电子版），地税部门和委托代开单位代开的各类电脑版发票信息，通过《发票查询系统》的地税发票开票系统（代开版）进行补录，并通过地税征管系统的发票查验功能导入所录数据。
3、2006年11月1日-12月31日，对2005年1月1日-2006年9月30日期间代开的手工版《税务机关代开统一发票》信息，通过发票查询系统的地税发票开票系统（代开版）补录进来，再通过征管系统的发票查验功能导入所录数据；2002年1月1日-2006年9月30日期间各级地税机关的发票领购、发售信息（手工台帐）、2002年1月1日-2005年3月31日期间代开的手工版发票（旧版）信息，于2007年3月31日前通过发票查询系统的地税发票开票系统（代开版）进行补录，再通过地税征管系统的发票查验功能导入所录数据。
