第十三条 各级人民政府在有偿出让基本农田保护区的土地使用权收入财政留成部分中，划出40％并入基本农田建设基金使用。
第十四条 基本农田建设基金实行省、市、县（区）三级分管，由国土管理部门代收，财政部门专帐单列管理。资金的使用，由各级农业行政主管部门会同国土、水利等有关部门提出方案，经同级人民政府批准后专项用于基本农田保护区的各级设施维护建设和开荒造地、围垦造田，并接受财政部门的监督。
第十五条 兴办建设项目，凡损害原有的农田水利及其他设施的，应将这些设施的复修列入配套工程，用地审批机关方能批准。
用地单位对基本农田保护区内受损害的农田水利及其他设施未予复修，受害单位有权要求限期复修和赔偿因受损害所造成的实际损失。
第十六条 各级农业行政主管部门要认真搞好基本农田保护区的建设，建立地力补偿制度，采取生物性措施和工程治理相结合办法，实行山、水、田、林、路综合治理，增加和完善农田基础设施，提高抗灾能力，实现基本农田高产稳产。
第十七条 凡在基本农田保护区内从事农业生产经营的单位和个人，都要承担农田建设和保养任务，保持和培育地力。
第十八条 各级人民政府应把基本农田保护区的管理工作列入任期目标责任制，认真贯彻实施；每年应向同级人民代表大会常务委员会及上一级人民政府报告基本农田保护区的建设和管理情况。
第十九条 各县（区）及镇人民政府，要加强对农民进行自觉保护好基本农田保护区标志的教育，组织干部和有关人员，进行巡查和监护。对损坏标志牌和界桩的行为，应给予批评教育，并责令其进行经济赔偿。
第二十条 对在基本农田保护区管理工作中成绩显著的单位和个人，由各级人民政府予以表彰和奖励。
第二十一条 任何单位和个人均有权监督、检举、控告违反农田保护法律、法规的行为。对违反基本农田保护管理规定，乱占滥用农田保护区土地搞非农建设的行为，当地农村集体经济组织有权抵制。
