第十三条 基金筹集渠道：合作医疗经费实行农牧民个人缴费、乡村集体经济扶持，政府补助，鼓励企业、集体经济社会团体、对口支援单位和个人资助，多渠道筹措资金。
第十四条 农牧民参加合作医疗、抵御疾病风险而履行缴费义务不能视为增加农牧民负担。
第十五条 基金筹集方法： 农牧民个人缴纳部分按年度在规定时间内一次性缴清，不得任意延长收费期限，不再跨年度吸收农牧民参加合作医疗，所缴纳资金全部纳入县新型农牧区合作医疗专用账户储存，政府补助资金由县财政负责筹集。
第六章 基金分配
第十六条 合作医疗基金分风险基金、门诊统筹基金和住院统筹基金。风险基金按照《自治区基金管理办法》从筹集总基金中提取3%；门诊统筹基金占总基金的30%，用于参合农牧民在乡、村定点医疗机构门诊就诊费用的补偿；住院统筹基金占总基金的67%，用于参合农牧民在各级定点医疗机构住院费用支出的补偿。
第七章 基金管理
第十七条 基金管理原则：以收定支、收支平衡和公开、公平、公正，专款专用、专户储存，不得挤占挪用。
第十八条 新型农牧区合作医疗基金用于补助参加新型农牧区合作医疗农牧民的就诊医疗费用。
第十九条 新型农牧区合作医疗基金实行县级统筹、分级核算、总量控制、节余滚存的办法。
第八章 补偿比例及范围
第二十条 补偿模式：“门诊统筹＋住院统筹”的运行模式，严格坚持以收定支、收支平衡、略有节余、滚动发展的原则。
第二十一条 补偿程序：在县乡级定点医疗机构就诊者，按补偿比例患者只交清个人应承担部分，补偿部分由定点医疗机构先行垫付，然后由定点医疗机构每月20－25日汇总到县合管办结算；在地区或地区级以上定点医疗机构住院的，住院费用先由农牧民个人垫付，出院后持农村合作医疗证将发票、药品费用清单、转院证明、出院证明报至乡合管办，由乡合管办审核后报县合管办统一补偿。患者于次月15-20日到乡合管办领取合作医疗补偿金。
