经检查，白银市环保局2005年对白银氟化盐股份有限公司比核定应征数少征收排污费32.85万元。金昌市环保局2004至2005年对金川集团有限公司等5户排污者比核定的应征数少征收排污费12682.05万元。
六、个别地区环保局存在违规越权减免应征排污费的问题。
检查发现，白银市环保局于2005年对白银有色金属公司2004年末累计欠缴排污费2412.86万元的问题依法起诉、经法院调解、征缴双方协商后，在无任何报批手续和文字记载的情况下，擅自减免该公司2004年应交纳的排污费1676.2万元。
七、个别基层环保部门无视国家法规，滞压、转移、挪用排污费收入用于购置办公用房。
检查发现，平凉市崆峒区环保局为了购置办公楼，于2003年7月向农行平凉地区分行营业部取得短期借款112万元，又于2004年1月3日以该局局长张继虎个人名义在崆峒区柳湖乡农村信用社取得借款30万元（办理了张继虎个人存折，由崆峒区环保局财务人员保管），用于购置办公楼和办公家具。尔后于2004年4月从排污费收缴过渡户转出排污费收入112万元，以崆峒区环保局的户名，在崆峒区柳湖乡农村信用社办理了一年期整存整取电脑定期存单，并以此存单为抵押，向崆峒区柳湖乡农村信用社申请借款112万元，归还了2003年7月在农行平凉地区分行营业部的短期借款。2004年7月，该局又从排污费收缴过渡户转出资金40万元，用于归还以局长个人名义在崆峒区柳湖农村信用社的贷款30万元，并支付了该项贷款的利息5.49元和2004年4月在崆峒区柳湖农村信用社贷款112万元的利息4.51万元。2005年8月，该局用排污费收入在崆峒区柳湖乡农村信用社存入的整存整取电脑定期存单112万元，归还了崆峒区柳湖乡农村信用社的抵押贷款112万元。以上共计滞压、转移、挪用排污费收入152万元。
八、排污企业长期拖欠排污费的问题比较严重。
截至2005年末，兰州市（含红古区）的部分排污企业累计拖欠应缴的排污费1127.69万元。白银有色金属公司截止2005年末累计拖欠已核定下达的应缴排污费1282.86万元。其他各地由于收费台帐不健全，一时难以核定准确的排污者欠费数据。据了解，排污企业长期拖欠排污费的问题在全省各地普遍存在，而且多数环保机构对清收欠费缺乏积极性和主动性。
九、部分地区财政部门存在超范围安排使用排污费资金的问题。
