从检查结果看，各地开设的排污费征收过渡户产生了较大的负面作用。一是所有的过渡户基本上都是按季度或更长的时间间隔向国库交款，有的过渡户将大量的排污费资金集中到年底才集中缴库，导致所征收的排污费资金至少在过渡户滞压两三个月甚至更长时间。甚至有的地区视当地财政收入任务完成情况来决定排污费资金的缴库时间。如金昌市设在各级环保局的第一道过渡户，连续两年由于财政收入任务完成情况较好，将征收的排污费资金滞压到次年才入库。该市环保系统和县（区）财政部门的排污费征收过渡户连续两年滞压排污费收入3044.81万元。其中：金昌市环保局过渡户2004年末滞压收入1562.16万元，2005年末滞压收入1433.31万元； 永昌县环保局2004年末滞压收入9万元，2005年末滞压收入11.65万元；金川区环保局2004年末滞压收入7.07万元，2005年末滞压收入20.62万元；永昌县财政局预算外资金管理局2004年末滞压收入1万元。二是由于少数基层环保机构有关负责人财经法纪观念淡薄，将征收的排污费作为环保局的临时周转资金使用。永昌县环保局分别在建设银行和工商银行开设了三个银行账户，将收缴的排污费、县财政局拨入的行政经费和污染治理专项资金以及其他资金同在三个账户中混存混支，而且三年未登记银行存款账，仅有残缺不全的银行对帐单，收缴的排污费在很大程度上成了该局的周转资金。三是导致部分县、区缴入国库的排污费收入预算级次混乱。金昌市的永昌县和金川区两年将应缴中央和省级的排污费缴入县（区）级18.82万元，其中少缴中央财政9.41万元， 少缴省级财政9.41万元。四是为个别环保部门挪用资金提供了便利条件。
四、部分环保机构对排污者应缴纳的排污费核定不准，导致对部分排污者应征未征排污费。
通过对省级和五个市24户排污者核定征收排污费的抽查，除了兰州市本级被抽查的6户排污大户的应交排污费核定基本准确外，省级和其余四个市均不同程度的存在环保部门对排污者应缴排污费核定不准，导致少征排污费的问题。如白银市环保局少核定征收靖远第二发电有限公司和白银红鹭铝业有限责任公司2005年排污费178.12万元。嘉峪关市环保局少核定征收祁源化工有限公司等8户排污企业2004和2005年排污费307.13万元。平凉市环保局2004年多征华能平凉发电有限公司和华明电力股份公司排污费200.82万元；2004和2005年少核定征收华亭煤电公司和峡中水泥厂排污费115.81万元。
五、部分环保机构存在不按核定数征收排污费的问题。
