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监督实施交通运输行业工程建设政策、制度、技术标准；制定地方交通运输行业建设管理办法；监督管理公路、水路建设项目的实施；负责公路、水路建设市场监管；承担公路、水路建设从业单位和从业人员的信誉公开和信用评价工作；承担地方公路、水路建设工程设计文件审查、施工许可审查和竣工验收工作；监督管理地方公路、水路建设工程项目的招标投标、工程进度、工程质量、工程造价；指导公路、水路基础设施的维护和管理。
（五）运输管理科
制定公路、水路运输相关政策、运营规范并监督实施；指导公路、水路运输市场监督管理和站场、车辆维修、汽车租赁、驾驶员培训等行业管理；组织协调重点运输、紧急客货运输和公路、水路联合运输，参与运输价格管理工作；负责公路、水路运输衔接和统筹协调工作；承担物流业发展中的有关交通管理及城乡环境综合治理工作；承担交通运输行业减轻企业负担工作；指导城市公共客运服务质量的监督管理和出租车行业管理工作；指导交通运输行业节能减排工作。
（六）安全监督科
指导公路、水路、城市公共客运行业安全生产和应急管理工作；拟订实施公路、水路、城市公共客运安全生产政策和综合性安全生产、应急管理相关制度；指导交通运输行业应急处理体系建设；组织实施安全管理的责任考核、监督检查和宣传教育工作；指导水上交通安全事故、船舶及相关水上设施污染事故的应急处理，依法组织或参与事故调查处理工作；参与处理公路、水路、城市公共客运行业突发公共事件。
（七）财务科
指导、监督交通运输行业会计核算和财务管理工作；承担交通专项资金筹集、管理、监督、信贷及利用外资的财务管理工作；承担公路、桥梁、隧道收取通行费预算和财务管理工作；承担招商引资工作；承担局机关及局属单位财务收支预、决算管理和国有资本、国有资产的监督管理工作；负责局机关的财务管理和政府采购资金管理。
（八）审计科
拟订实施交通运输行业审计工作制度、计划；依法监督本部门及局属单位的财务收支及其他经济活动；承担局属单位主要负责人的任期经济责任审计，指导交通运输行业内部审计工作；承担局投资建设项目、专项资金使用及管理情况的审计工作。
（九）组织人事科
负责局机关及直属单位机构编制、人事管理、离退休人员管理工作；负责干部培训和思想作风建设；承担局机关和直属单位党的组织、思想、作风和制度建设工作。
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