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根据以上职责，县农业局设4个职能科室。
（一）办公室
协助局领导处理并综合协调局机关日常政务；负责会务、文秘、档案、政务信息、督查、机要、保密、信访、财务、后勤、保卫等工作；负责局机关直属单位及下属单位的人事、机构编制管理和离退休管理服务、农技推广队伍体系建设等工作；组织制定和监督实施局内管理规章制度，参与有关农村工作的政策性文件和地方性法规、规章的起草和协调工作。
（二）科教信息科
负责农业科研、教育、技术推广及其队伍建设的协调管理，实施科研兴农战略；参与农业重大科技和技术推广项目的遴选与实施；承办农业综合开发项目的设计、申报、实施、管理等工作；负责农业技术推广体系建设、农业技术成果的管理工作；负责农民职业教育、培训和农业职业技能开发工作；参与指导农民职称评审管理；制订农业产业的技术标准并组织实施；组织实施农业产业产品及有机食品、绿色食品的质量监督；承担农业技术推广基金的日常管理工作。
（三）农业产业科（县减轻农民负担监督管理办公室、茶叶产业办公室）
负责稳定和完善农村基本经营制度和政策，调节农村经济利益关系；指导、监督农村集体资产管理和农业投入积累工作；指导、监督农村集体经济组织的财务会计、审计和经济收益分配统计工作；负责管理、监督减轻农民负担工作；指导和管理农民专业合作经济组织；指导农业社会化服务体系建设；指导、监督农村集体土地承包及承包合同管理、耕地使用权流转工作。
负责农业产业的综合协调及种植业、畜牧业、农业机械等行业管理工作；负责编制农业生产发展规划；参与应对WTO相关的研究工作；参与研究制订全县农业产业化经营的有关政策和农产品市场体系建设规划，促进农业产前、产中、产后一体化；研究制订全县“菜篮子工程”基地建设的规划、政策并组织实施；指导效益农业、农业产业化经营、农业高新技术示范园区、农业适度规模经营、农产品加工与流通工作；参与提出有关大宗农产品流通、外向型农业发展及农村一、二、三产业发展的政策建议并协调有关事项；参与研究提出农业基础设施建设规划；负责农牧业产品及种子、种苗基地建设和具有示范效应的农业产业化项目工作；组织实施生态农业和农业可持续发展工作；负责农业发展资金的管理安排和抗灾救灾农用物资的分配工作。
（四）农政管理科
负责农业行政执法的综合协调管理工作；负责全县动物植物防疫和检疫，饲料和饲料添加剂、兽药和兽医医政、农药、肥料、种子和种苗、蚕种、食（药）用菌种、种畜禽的管理以及蔬菜基地保护、农业技术推广和农业植物新品种保护等农业行政执法工作；组织实施拖拉机、联合收割机等农业机械的安全监理；负责有关农业行政许可证（照）申请的受理，审核以县农业局名义作出的农业许可具体行为，依法征收各项农业行政事业性规费；受理权属范围内的违反农业法律、法规和规章行为的举报，组织开展农业执法检查，查处典型、重大农业违法案件，审核以县农业局名义作出的行政处罚具体事项；指导全县农业法制宣传教育、农业行政执法体系建设，组织执法人员培训；承担受法人代表委托的行政复议和应诉事项。
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