武警部门组织指挥武警部队参与突发高致病性禽流感疫情的应急行动，配合公安部门参与做好疫区封锁、疫点内禽类的扑杀工作。
工商、食品药品监督管理部门负责对疫情发生期间上市家禽及其产品质量和交易市场监管工作。工商部门根据对疫区封锁情况，关闭疫区内的畜禽及其产品交易市场。
商务部门积极配合畜牧兽医行政管理部门落实禽类屠宰场的有关防疫措施。发生突发高致病性禽流感疫情期间，负责做好生活必需品市场供应工作，维护市场秩序。
交通部门负责提供突发高致病性禽流感疫情应急处理人员以及防治药品、器械等应急物资和有关样本的公路和水路运输保障，防止疫情扩散。配合畜牧兽医行政管理部门做好动物防疫监督检查站设置及疫区封锁工作。
铁路部门保证突发高致病性禽流感疫情应急处理人员以及防治药品、器械等应急物资和有关样本的运送，确保安全、快速，防止疫情扩散。
监察部门负责监督检查有关单位及其工作人员在突发高致病性禽流感疫情应急处理工作中履行职责的情况，对工作中的失职、渎职等违法违纪行为进行查处。配合畜牧兽医行政管理部门做好动物防疫监督检查站的设置、管理和疫区的封锁工作。
军队、司法部门除做好本系统内高致病性禽流感预防控制工作外，按照指挥部的统一部署，配合畜牧兽医行政管理部门，做好紧急疫情处理工作。
科技部门根据实际情况和需要，制订突发高致病性禽流感疫情应急防治技术研究方案，组织科研力量开展应急防治技术科研攻关，协调解决检测技术、药物、疫苗研发和应用中的科技问题。
林业部门负责组织开展陆生野生禽类及候鸟的资源调查和观测，组织专家分析和提出有关陆生野生禽类及候鸟的分布、活动范围和迁徙动态等预警信息；协助畜牧兽医行政管理部门组织开展对陆生野生禽类及候鸟疫源疫病的监测工作；发生陆生野生禽类及候鸟疫情，会同有关部门快速采取隔离控制等措施。
指挥部下设办公室，设在市畜牧兽医行政管理部门。负责按照指挥部要求，具体制定防治政策，部署扑灭高致病性禽流感疫情工作，并督促各县（区）、各有关部门按要求落实各项防治措施。
2.2 日常管理机构
市畜牧兽医行政管理部门负责全市突发高致病性禽流感疫情应急处理的日常管理工作。其主要职能是：依法组织协调有关突发高致病性禽流感疫情应急处理工作；负责突发高致病性禽流感疫情应急处理相关文件的起草工作；组织提出有关突发高致病性禽流感疫情应急处理的方针、政策和措施；组建与完善高致病性禽流感疫情监测和预警系统；制订突发高致病性禽流感疫情应急预案，组织预案演练；组织对兽医专业人员进行有关突发高致病性禽流感疫情应急知识和处理技术的培训，指导各地实施高致病性禽流感疫情应急预案。
县（区） 畜牧兽医行政管理部门负责本行政区域内突发高致病性禽流感疫情应急处置的日常管理工作。
2.3 现场诊断专家组
市畜牧兽医行政管理部门组建高致病性禽流感疫情现场诊断专家组，具体职责：
（1）负责高致病性禽流感的现场诊断，提出控制和扑灭疫情的技术措施建议；
（2）对突发高致病性禽流感疫情应急准备提出建议；
（3）参与制订或修订突发高致病性禽流感疫情应急预案和处置技术方案；
