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执行国家关于中医工作方针、政策、法规，根据国家和省中医管理局的工作部署，拟订全市中医发展规划、年度计划和中医行业技术标准，制定中医行业管理制度和办法并组织实施；负责中医科研攻关、中医医学教育工作，指导中医医疗机构和综合医院、乡（镇）卫生院的中医、中西医结合业务建设；对辖区内的中医医疗机构实行分类和分级管理；指导农村基层中医三级医疗预防保健服务网络的建设；协同有关部门管理中医外事工作，开展国内外技术交流与合作。
（四）卫生法制与监督科
指导卫生法制宣传教育；负责执法责任制建设和对卫生执法进行监督；负责拟订卫生执法监督工作的有关工作规范；负责全市传染病、职业病的防治工作和食品、环境、放射、学校、职业等公共卫生监督管理工作；拟订并组织实施卫生监督工作规划和计划，检查、督促、指导预防性、经常性卫生监督工作，负责卫生许可证的发放管理，按程序审批卫生许可证；整顿和规范医疗服务市场；查处卫生违法案件；协调查处相关的群众来访来信投诉及卫生行政复议等。
（五）疾病控制与妇幼保健科
拟订全市传染病、地方病、职业病、寄生虫病、慢性非传染性疾病及公共卫生相关疾病的防治规划并组织实施；拟订全市疾病预防控制机构建设规划和基层防治保健组织工作规划并组织实施；负责预防用生物制品的使用管理工作；组织全市做好疾病监测、公共卫生监测、疫情报告及其信息系统规划、建设和管理；拟订农村卫生、社区卫生和妇幼卫生（含母婴保健）、初级卫生保健的发展规划并组织实施；监督和指导农村卫生服务和业务工作；组织实施母婴保健专项技术的准入与监管，综合管理和提高出生人口素质工作；督促、指导托幼系统做好卫生保健工作；监督医疗保健机构的计划生育技术服务的质量；协调开展健康教育工作。
（六）突发公共卫生事件应急处理办公室
组建全市突发公共卫生事件预警监测系统，统一指挥和组织协调有关突发公共卫生事件应急处理工作；拟订突发公共卫生事件和重大事故医疗卫生应急预案，组织预案培训和演练，培训医疗救助专业人员，指导各地实施突发公共卫生事件预案，帮助和指导各地应对其他突发事件的预防救治工作。
（七）农村合作医疗管理办公室
拟订农村合作医疗规划并组织实施；督促各地贯彻落实中央、省、市有关建立新型农村合作医疗保健制度的政策、措施和议案；协调处理农村合作医疗的关系和问题；指导农村合作医疗工作。
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