指挥部下设办公室在市动物卫生监督管理局。负责按照指挥部要求，具体制定防治政策，部署扑灭重大动物疫情工作，并督促各地、各有关部门按要求落实各项防治措施。
2.l.2 县级突发重大动物疫情应急指挥部的职责
县级突发重大动物疫情应急指挥部由县级人民政府有关部门组成，县级人民政府分管领导担任总指挥。县级突发重大动物疫情应急指挥部统一负责对本行政区域内突发重大动物疫情应急处理的指挥，作出处理本行政区域内突发重大动物疫情的决策，决定要采取的措施。
2.2 日常管理机构
市动物卫生监督管理局负责全市突发重大动物疫情应急处理的日常管理工作。
各县（市）区政府动物卫生行政管理部门负责本行政区域内突发重大动物疫情应急处置的日常管理工作。
2.3 专家委员会
市动物卫生监督管理局组建突发重大动物疫情专家委员会。
各县（市）区政府动物卫生行政管理部门可根据需要，组建突发重大动物疫情应急处理专家委员会。
2.4 应急处理机构
2.4.1 动物疫病预防和控制机构：主要负责突发重大动物疫情报告，现场流行病学调查，开展现场临床诊断、实验室检测和疫病监测。
2.4.2 动物卫生监督机构：主要负责突发重大动物疫情的应急处理，对封锁、隔离、紧急免疫、扑杀、无害化处理、消毒等措施的实施进行指导、落实和监督。
3 突发重大动物疫情的监测、预警与报告
3.1 监测
建立突发重大动物疫情监测、报告网络体系，市动物卫生监督管理局和县级人民政府动物卫生行政管理部门要加强对监测工作的管理和监督，保证监测质量。各县（市）区级人民政府和市动物卫生监督管理局要综合分析预警信息并及时上报市政府。
3.2 预警
市和各县（市）区政府动物卫生行政管理部门根据动物疫病预防和控制机构提供的监测信息，按照重大动物疫情的发生、发展规律和特点，分析其危害程度、可能的发展趋势，及时做出相应级别的预警，依次用红色、橙色、黄色和蓝色表示特别严重、严重、较重和一般四个预警级别。
3.3 报告
任何单位和个人有权向各级人民政府及其有关部门报告突发重大动物疫情及其隐患，有权向上级政府部门举报不履行或者不按照规定履行突发重大动物疫情应急处理职责的部门、单位及个人。
