存在的主要问题：一是有些医疗机构缺乏开展传染病防治工作的自觉性，不能很好地发挥医疗机构的公共卫生职能。二是传染病防治相关制度落实不到位，疫情报告、奖惩等制度流于形式。三是感染性疾病科设置不够合理，功能分区不全，接诊流程不规范，预检分诊形同虚设，存在医院内感染隐患。四是市中心医院、市第一医院、桓台县医院三所省级流感监测哨点医院临床医师对流感样病例诊断标准掌握不够准确，普遍存在应付现象。
六、传染病疫情监测。1～10月累计报告乙类传染病14种7781例， 报告发病数比去年同期下降10.07%；丙类传染病累计报告7种1864例，比去年同期下降20.78%；其它传染性疾病累计报告7种4453例，比去年同期上升1.78倍。1～10月份乙类传染病报告较去年同期上升幅度较大的疾病有：艾滋病、麻疹、猩红热、布病、梅毒、疟疾；丙类及其他传染病上升较高的疾病有：除霍乱、痢疾、伤寒副伤寒以外的感染性腹泻、手足口病、生殖器疱疹。
存在的主要问题：一是部分疾控机构对辖区内医疗机构技术指导不够规范及时，对医疗机构传染病防治及网络直报工作检查检查记录不规范；二是高新区辖区内医疗机构传染病报告率较低，部分乡镇医院存在零月报现象；高新区疾控中心对辖区内医疗机构报告的传染病报告卡审核及时率较低，影响了我市传染病报告卡质量。
七、卫生应急管理。2007年1～10月，全市通过突发公共卫生事件相关信息报告管理信息系统报告的突发公共卫生事件相关信息共58起，报告病例282人，死亡2人。其中环境因素类45起，报告病例65人，死亡1人；传染病类11起，报告病例213人，死亡1例；职业中毒类2起，报告病例5人。组织开展了对区县组织指挥、应急反应、疫情处置、消毒采样等四个方面的演练考核。
存在的主要问题：一是个别区县存在麻痹思想，行动不够迅速；有的单位设备老化，药品单一，还不能完全适应实战的要求。二是各区县普遍存在突发公共卫生事件应急物资储备中个人防护用品数量明显不足，且不符合国家相关标准要求。三是有些区县未开展卫生应急培训和演练。
八、艾滋病防治。开展大众人群的艾滋病防治知识宣传教育和农民工等高危人群、重点人群的健康教育工作，全市6000多名科级以上领导干部、近千名医务人员接受了艾滋病防治知识培训。加大高危场所及高危人群的干预工作力度，全面开展行为干预工作，目前全市干预重点场所312处。落实“四免一关怀”政策，对10例现症病人全部进行免费抗病毒治疗。加强艾滋病自愿咨询检测（VCT）工作，每个县（区）建立2个以上免费自愿咨询检测点。对全市32家艾滋病筛查实验室进行了以实验室管理、实验室检测工作、实验室质量控制、实验室生物安全、抗体检测月报情况以及盲样测试为主要内容的督导检查，对14家存在问题较多的艾滋病筛查实验室下达了整改意见书。
