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我市在半导体照明、航空制造、汽车制造等产业领域起步较早，但至今仍然规模偏小，经济总量偏低，对整个工业的带动作用不明显。深层次究其原因：主要是政府推动产业发展的宏观协调不够，发展重点不突出，没有把有限资源整合成强势资源，推动产业聚合，形成集群优势；其次是受利益和政绩驱动，条块竞争发展资源的形势愈演愈烈，导致产业发展资源分散，不能形成合力，发挥聚合效应；再次是技术支撑能力跟不上产业发展的步伐，大多数企业急功近利，追求短期效益，长期依靠外来技术和产品支撑，自主研发的技术和产品较少，再加上支撑产业发展的高层次人才严重不足，使得一些长期制约产业发展的关键和核心技术没有取得实质性突破，导致企业做大做强举步艰难，缺乏后劲，持续增长能力更弱。
2、农业产业化整体水平不高
我市虽然在统筹协调城乡发展，促进农业产业结构转型，大力推动农业产业化方面做了大量工作，也取得了令人兴奋的成绩。但总体看，全市的农业产业化水平还有待进一步提高，在推进农业产业化的过程中还有一些亟待解决的薄弱环节：一是产业化的运作方式不够清晰，经营模式欠科学，主导产业和区域布局有待规范；二是利益分配机制不完善，合理的合作机制尚未建立，“利益均沾，风险共担”的契约关系没有确立；三是产供销贸工农一体化的产业链基本要素结合不够紧密，重点龙头企业的带动作用不明显，规模效应不突出，有影响有实力的全国知名企业和名牌产品不多；四是支撑产业发展的技术能力不强，农业产业化企业科技含量不高，高新技术企业不多；五是农副产品精深加工企业偏少，附加值不高。如果上述问题不解决，将严重影响广大农户参与农业产业化的主动性和积极性，并成为制约现代农业产业发展的瓶颈。
3、科技资源优势作用不突出
南昌作为省会城市，科技资源比较丰富，并具备一定实力，但由于受隶属关系制约，致使科技资源长期处于条块分割状态，导致资源整合范围和内容受到极大限制，无法把现有的装备、人才、技术、信息等主要创新要素整合聚集，形成创新合力，变优势资源为实力资源和有效资源。进入新世纪以来，省、市两级科技行政主管部门虽然在整合省会城市科技资源方面想了不少办法，并在市校合作和官、学、研、企合作上取得了很大成绩。但这些变化并未从根本上解决问题。产生问题的原因：首先是缺乏一个强有力的协调机制，省、市相关部门没有建立常态互动机制；其次是运用制度安排，政策引导等行政宏观调控与市场机制调节相结合的手段不够丰富；再次是对区域科技创新条件建设的科学规划和合理布局不够，科技条件重复建设现象比较严重，造成有限的科技投入效率不高；第四是思想不够解放，开放程度不高，科技资源利用率偏低。
4、科技投融资体系尚未形成
以政府投入为引导，企业投入为主体，社会资金参与的多元化科技投入体系建设跟不上科技事业发展的需要和经济社会发展多方面的需求：一是政府科技经费占地方财政预算支出比例偏低，与周边省会城市相比仍有较大差距；二是企业投入主体地位不突出，大多数企业研发费用投入占销售收入比例偏低；三是由于科技投入的渠道和退出机制不健全，导致社会组织参与投入的积极性不高；四是主要用科技投入经费组建起来的科技风险投资公司，真正用于投入科技创新，支持高新技术企业和项目发展的经费不多，没有把有限的科技投入用在刀刃上。
（三）特色优势
1、鄱阳湖生态经济区建设为建设创新型试点城市提供了契机
2009年12月12日，国务院批准《鄱阳湖生态经济区规划》，这是新中国成立以来我省第一个上升为国家战略的区域规划。国务院在批复中明确指出：《规划》的实施要以促进生态和经济协调发展为主线，以体制创新和科技进步为动力，转变发展方式，创新发展途径，加快发展步伐，努力把鄱阳湖地区建设成为全国生态文明与经济社会发展协调统一和人与自然和谐相处的生态经济示范区。当前，省委、省政府围绕鄱阳湖生态经济区建设的战略发展定位，出台了一系列政策措施，正在高位推进，强势推动。南昌国家创新型试点城市建设，要紧紧抓住这一历史发展机遇，进一步解放思想，创新观念，大胆探索，敢于实践，勇于创新，以鄱阳湖生态经济区建设为切入点和落脚点，把创新型城市建设与鄱阳湖生态经济区建设有机统一起来，通过创新型城市建设，为鄱阳湖生态经济区建设提供有力的科技支撑。
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