第七条 凡实施排放污染物总量控制的单位，应当按照环境保护行政主管部门的要求，在排污申报登记的基础上，按期如实填报《排放污染物许可证申请表》，向所在市、县环境保护行政主管部门申请排放污染物浓度及总量指标（以下简称排污指标），同时报有关主管部门备案。
排污申报登记按国家环境保护行政主管部门颁发的《排放污染物申请登记管理规定》执行。
第八条 环境保护行政主管部门在接到排污单位的《排放污染物许可证申请表》后，应在一个月内根据区域排放污染物总量控制目标，批准排污单位允许排放的污染物种类和指标，并根据实际情况规定其排放方式、排放时间、排放去向等。
第九条 凡排污单位申请的排污指标不超过允许排污指标者，发给《排放污染物许可证》；凡排污单位申请的排污指标超过允许排污指标者，应当限期治理，在限期治理期间，发给《临时排放污染物许可证》。
第十条 新建、扩建和改建的建设项目的单位，在向审批建设项目的环境保护行政主管部门递交环境影响报告书（表）的同时，须递交《排放污染物许可证申请表》，一并办理审批手续。如申请的排污超过该单位允许排污指标时，建设单位必须采取下列措施，方可进行建设。否则，环境保护行政主管部门不予办理审批手续。
（一）通过"以新带老"、改变产品结构、改进生产工艺、提高治理深度等办法，减少污染物排放；
（二）向区域污染集中控制治理投资，增强该区域处理污染物的能力；
（三）代为其他排污单位处理污染物。
第十一条 建设项目在竣工验收合格后三个月内，由所在市、县环境保护行政主管部门根据批准的环境影响报告书、排污指标和竣工验收报告，发给《排放污染物许可证》。
第十二条 对排放的污染物有可能造成跨地区污染的排污单位，其排指标应报上一级环境保护行政主管部门审核，由同级人民政府批准。
第十三条 《排放污染物许可证》和《临时排放污染物许可征》的有效期限，由发证的环境保护行政主管部门确定。但最长有效期前者不得超过四年，后者不得超过两年，在有效期满三个月，排污单位必须重新申请换证。
