原则上基金用于门诊、住院的比例分别为3：7左右；用于县以上和县及以下医疗机构的费用占基金总数比分别为30％、70％。
2．基本补偿原则
门诊补偿原则上向基层社区倾斜。二、三级医院门诊补偿比例，控制在25－40％；社区（镇、街道及以下）门诊补偿控制在30－60％左右。社区门诊费用要实行“三限制一纳入”等控制措施。即：（1）限制用药目录，原则上按省定标准执行；（2）限制处方单价，每张处方控制在25－60元左右（含日分解处方额）；（3）限制最高总额，全年最高人均实报门诊费用小于1000元；（4）对少数就诊次数多、费用高的慢性病、特殊病种等门诊费用统一纳入住院病人费用补偿范围。
住院补偿方面，首先，在结报比例上要向本地及基层医疗机构倾斜，有意引导病人社区就医，就近就医，本地就医；其次，在费用结报的绝对值上，要适度向大额医药费用倾斜，防止因病致贫、因病返贫，最高实际补偿额不低于10万元。
四、强化控制，提高基金的使用效益
要加强对农村合作（居民基本）医疗保险基金使用的全方位宏观控制，确保有限的医疗卫生资源发挥其最大的社会使用效益和效率，更好地保障广大居民群众身心健康。
1．对需方的控制
加强对需方控制主要从六个方面：一是要求参保者遵守有关医疗保障的规章与制度等；二是遵循保险原则，先参保，后享受；三是服从就医程序，实行逐级转诊制度；四是享受制度规定范围内的权利。自购药品、自行择医等费用不予结报；五是优先保证基本医疗服务；六是对特困或特困边缘人群等在按规定结报外的医药费用统一纳入医疗救助范围处理。
2．对供方的控制
要加强对定点医疗机构的管理，建立核准和退出机制，确定收治范围并建立明确的双向转诊制度。
对供方控制主要从以下七个方面：一是关注平均住院天数，环比、同比、对比（与同级同等比）有所下降；二是控制平均费用。处方平均单价、出院病人平均费用等。环比、同比、对比（与同级同等比）都较合理，与消费性物价指数同步；三是住院病人医药费用的自费率比例控制在20％以下；四是骗保和分解收费的概率（分解处方、住院等）为零；五是“三合理”制度执行率大于98％；六是试行“预付制”、“住院按病种结算”，其比例达到市年度卫生目标管理要求；七是万元以上大额结报人数中的治愈率、好转率的比例逐年上升。
3．对保方的控制
