1、在代开票时按开具的货物运输业发票上注明的营业税应税收入按规定征收（代征）营业税、所得税及附加。
2、代开票纳税人对所缴纳的税款采取按季结算。
3、代开票纳税人在缴纳定额税款时，如其在代开票时取得的税收完税凭证上注明的税款大于定额税款的，不再缴纳定额税款；如完税凭证上注明的税款小于定额的，则补缴完税凭证上注明的税款与定额税款差额部分。
六、关于企业所得税征收问题
对2002年以后新办的货物运输业代开票纳税人的所得税，由代开票单位在代开货物运输业发票时统一代征税款，并由地方税务局统一入库。
七、关于代开票纳税人从事联运业务的计税依据问题
代开票纳税人从事联运业务的，其计征营业税的营业额为代开的货物运输业发票注明营业税应税收入，不得减除支付给其他联运合作方的各种费用。
八、关于物流劳务的征税问题
（一）利用自备车辆提供劳务的同时提供其他劳务（如对运输货物进行挑选、整理、包装、仓储、装卸搬运等劳务）的单位（以下简称物流劳务单位），凡符合规定的自开票纳税人条件的，可以认定为自开票纳税人。
（二）自开票的物流劳务单位开展物流业务应按其收入性质分别核算，提供运输劳务取得的运输收入按“交通运输业”税目征收营业税并开具货物运输业发票；提供其他劳务取得的收入按“服务业”税目征收营业税并开具服务业发票。
凡未按规定分别核算其应税收入，一律按“服务业”税目征收营业税。
（三）代开票单位在为代开票物流劳务单位代开发票时也应按照以上原则征税（代征）并代开发票。
九、关于税务机关纳税申报审核问题
（一）地方税务部门在受理自开票纳税人纳税申报时，要对其申报的纸质清单、电子信息汇总清单、开具的发票存根联以及缴纳税款数进行核对，核对无误后再汇总上报。
（二）地方税务部门为代开票纳税人开具货物运输业发票时，应即时录入发票信息清单。每月应对开具的纸质清单、电子信息汇总清单、发票存根联以及缴纳税款数进行核对，核对无误后再上报。
