特大安全事故应急救援总指挥部内设一个办公室和五个分指挥部。办公室主任由市政府秘书长担任，办公室副主任由分管副秘书长担任。分指挥部指挥长由分管副市长担任，分指挥部副指挥长由分管副秘书长担任。特大安全事故应急救援总指挥部办公室的日常办公在市政府办。
五个分指挥部为：
1、警戒保卫分指挥部，由市公安局负责。
2、医疗救护分指挥部，由市卫生局负责。
3、物资供应分指挥部，由市经贸委负责。
4、重大污染处理分指挥部，由市环保局负责。
5、善后处理分指挥部，由市民政、工会、保险及其他有关部门负责。
三、特大安全事故应急救援总指挥部职责
以尽快的速度和有效的办法控制事态发展，把事故伤亡人数和经济损失以及负面影响降到最低限度，尽最大努力做好事故善后处理工作，确保社会秩序稳定，必要时争取上级政府及周边地市政府的援助，在最短时间内恢复生产生活秩序。
（一）组织协调各分指挥部按照应急救援预案迅速开展抢险救灾工作。
（二）根据事故发生状态，统一部署应急救援预案的实施工作，并对应急工作中发生的争议采取紧急处理措施。
（三）根据预案实施过程中发生的变化和问题，及时对预案提出调整、修订和补充意见，由总指挥长批准后组织实施。
（四）在本市行政区域内紧急调用人员和物资、设备、场地，事故处理后应及时归还或给予补偿。
（五）发现有危及周边单位和人员安全的险情时，立即组织协调有关部门进行人员和物资疏散。
（六）如发现事故可能导致重大环境污染危害时，立即组织有关部门或可承担任务的机构进行检测调查。如已发生环境污染等二次危害，立即组织相关部门采取有效措施控制事态发展。
（七）做好稳定社会秩序和伤亡人员的善后及安抚工作。
特大安全事故应急救援总指挥部办公室主要职责是在总指挥部领导下开展工作，协调组织各分指挥部和相关部门及时贯彻执行总指挥部布置的各项抢险救灾任务；适时发布公告，将事故的原因、责任及处理意见公布于众；配合上级部门进行事故调查处理工作；办理指挥部总指挥长和副总指挥长交办的其他事项。
四、各分指挥部的职责
在总指挥部领导下，配合总指挥部办公室做好分管的各项工作，并组织相关部门努力完成总指挥部布置的各项抢险救灾任务。
五、特大安全事故报告和现场保护
