小型水利工程管理制度改革中置换的资金，要专户储存，专款专用。属于国家投资兴建的，其置换的资金相应存入工程所在地的县（市）、区级水利部门在同级财政设立的资金专户；属于集体资产的，其置换资金必须存入乡（镇）或村集体资金专户。
改制中置换的资金无论是国有还是集体所有的，都要保证全部用于当地水利工程再建设上，实行专款专用，严禁平调或挪作他用。上述资金在使用时，必须报上一级财政、水利部门审批。属村组的工程由村委会提出申请，乡（镇）水管机构、农经站审批，并报县级水管单位备案；属乡（镇）的工程，由乡（镇）政府提出申请，乡（镇）水管机构编制预算，县（市）、区水行政主管部门审批；超过50万元的工程建设按照基建程序进行。资金的管理和使用要公开接受财政、审计部门和群众的监督。
五、改革的相关政策支持
（一）改制后的小型水利工程经营者，在合同期内享有使用权和收益权；购买产权者和新建工程产权所有者对工程设施享有所有权、使用权、收益权，允许继承和转让，任何单位和个人无权变更或收回。因故确需变更调整的，要合理作价，有偿转让，保护投资者的利益。
（二）小型水利工程土地使用权转移或新建涉及到水利工程技术规范内的占地，应按国家有关规定办理转让或工程建设用地手续。
（三）水利工程设施安全受到威胁时，工程产权所有者或经营者可向当地政府提出保护申请，当地政府应采取必要措施保证工程设施安全。事后有关部门应进行认真调查，对由于不可抗力而发生的险情，损失由各级政府统筹解决；因工程设施管理不力造成的险情，抢险费用由工程设施所有者或经营者承担。
（四）改制后的灌溉水费，必须严格执行物价部门依法审定的农业供水价格，但对实行产权改革或新建的民办民营小型水利工程，可实行政府指导价，具体价格由经营者与用水户在中准价上下10%的浮动幅度内协商确定。
农业供水必须建立水费公示制度，实行水费、水量、水价“三公开”。
（五）工程产权所有者和经营者，必须自觉遵守国家有关法律和政策，服从当地经济、社会发展大局，服从和维护公共利益，服从政府的防汛抗旱调度，服从水行政主管部门的统一管理，认真履行合同规定的服务内容，不得进行垄断经营，不得借机增加不合理收费。经营者可以增加工程用途和服务项目，但不得擅自变更原水利工程的用途和服务，确需变更的，须与工程产权所有者协商；违反合同或擅自改变水利工程用途和服务内容的，工程产权所有者有权责令其限期改正，拒不服从的，工程产权所有者可以依法收回其经营权，给受益户造成的损失，由经营者负责赔偿。
