食品药品监管部门负责对新农合药品的购进、使用及质量的监管。
扶贫部门负责扶贫开发与新农合工作的协调，支持贫困农民积极参加新农合。
残联负责动员农村残疾人参加新农合，协调有关部门加强残疾人的康复和医疗救助工作。
宣传部门负责协调、组织各级新闻媒体对新农合的相关政策、工作动态等进行广泛宣传；负责组织、指导通过墙报、板报、横幅、标语、文艺表演等形式到镇、村进行丰富多彩的宣传，形成良好的舆论氛围，使新农合在广大农村地区家喻户晓，人人皆知，让他们自觉参加新农合。
其他相关部门也要按照各自的职责分工，共同做好新农合工作。
第十二条 新农合基金由中央和地方财政补助，参合农民个人缴费，社会团体、慈善机构、企业、集体、个人等资助和捐赠的资金组成，以县区为单位进行管理。
第十三条 新农合基金分为住院补偿基金、门诊补偿基金、大病救助基金、风险储备基金等四部分。
（一）住院补偿基金用于参合农民患病住院医药费的补偿。住院补偿基金设置起付线、封顶线和报销比例。
（二）门诊补偿基金用于参合农民因病在门诊就医或体检等费用的补偿。门诊补偿基金报销金额不能超过家庭账户金额，超支不补，结余滚存。结余的基金不能抵扣下一年度参合农民个人缴费资金。
（三）大病救助基金用于参合农民医药费的二次补偿。参合农民因患大病住院，已获得封顶线以内的补偿，但医药费超过10000元的，可申请使用大病救助基金，经县区级合管办审核批准后予以拨付。
（四）风险储备基金是为防止新农合基金出现透支而设置的基金。风险储备基金一经使用应及时补充，当年没有使用的，次年不再从新农合基金中提取。
第十四条 新农合基金实行财政专户管理，专款专用，封闭运行，不得挤占挪用。县区级合管办要严格按照自治区新农合基金管理的有关规定，建立健全基金预决算制度、内部财务会计制度和审计制度。
第十五条 各县区政府（管委）每年按参合农民人数和补助标准核定新农合补助资金。从2007年起，自治区财政给参合农民每人每年补助11元，市财政补助3元，县区财政补助6元。
第十六条 参合农民每人每年缴费不低于10元，经济基础较好的县区，可适当提高个人缴费标准。五保户、特困户的个人缴费，按照自治区农村医疗救助的有关规定，由县区政府（管委）从医疗救助基金中代缴。对农村领取了独生子女证并落实放环节育措施或依法只生育两个女孩并落实了结扎措施的家庭，免除夫妻双方及其子女的个人缴费，免除的费用也由县区财政补助。
