第九条 按照精简、效能的原则，建立健全新农合组织管理机构。
（一）市、县区政府（管委）成立由政府（管委）领导任组长，卫生、发改、财政、民政、农业、教育、人事、审计、人口计生、食品药品监管、扶贫、残联等部门负责人为成员的新农合协调领导小组（以下简称领导小组），领导小组下设办公室（以下简称合管办）。各镇人民政府也要成立相应的领导小组和合管办。
（二）县区级以上（含县区级）合管办设在同级卫生行政部门，镇级合管办可设在镇卫生院或财政所。
1. 成立市级合管办，人员编制2名。
2. 县区级合管办人员由本级政府（管委）在其行政编制总数内调剂解决，人员的配备要与所承担的职责相适应。
3. 镇级合管办人员从镇卫生院、财政所等连人带编一起划转，最多不超出3人，不另增加编制。
第十条 各级人民政府（管委）要为开展新农合工作提供启动经费，保障合管办人员经费和必要的办公、业务经费。各级合管办的工作人员工资和办公、业务费列入同级财政预算，不得从新农合基金中提取。
第十一条 部门职责。
卫生行政部门是新农合工作的业务主管部门，负责牵头组织制订新农合的规划和实施方案，指导、协调相关工作；按照自治区统一制定的新农合诊疗规范和管理制度，抓好落实，对定点医疗机构的医疗服务进行监管，加强中医药在定点医疗机构的推广、应用。
财政部门是新农合基金的业务主管部门，负责向上级申请新农合补助资金；预算拨付本级补助资金和经办机构人员工资、业务经费；细化本市相关的财政政策和财会管理制度；加强对农村卫生机构医疗设备的配备及新农合基金的监管。
发改部门负责将新农合纳入国民经济和社会发展规划，加强农村卫生基础设施建设，完善农村医药价格和监管政策，加强农村医药价格监管。
教育部门负责农村卫生机构技术人才的培养和培训工作。
民政部门负责农村医疗救助工作，支持新农合制度的建立和完善。
农业部门配合有关部门，做好农民参加新农合的宣传发动工作。
人事部门负责农村卫生人才情况调研及相关政策的落实，推进农村卫生机构人事制度改革。
审计部门负责新农合基金的审计监督。
人口计生部门负责农村已落实计划生育政策的独生子女户、双女结扎户的确认，配合做好计划生育对象参加新农合的宣传动员工作。
