财政部门要随着经济的增长和财政收入的增加，加大对农村卫生的投入力度，切实落实各项财政补助政策，及时拨付初保专项经费和初保办事机构人员、业务经费，确保初保目标的实现。
卫生部门要做好初保工作的综合管理、业务指导和质量监督，加强农村三级卫生服务网络建设，加大卫生监督监管力度，提高卫生服务质量和服务效率。
爱国卫生运动委员会要负责改水、改厕的规划实施，组织改水、改厕新技术的交流和推广，负责农村环境卫生的综合监督指导。协调有关部门共同完成各项任务。
农业部门要加强对人畜共患疾病的预防控制，配合做好农民的医疗保障制度的实施。
环境保护部门要加强对农村环境的监测和监管，加强对饮用水源的保护，严格监控有毒有害物质的排放，提高农村环境卫生质量。
水利部门在改善人畜饮水条件的同时，要加强对水源的监测，确保农民饮用水达到国家卫生标准。
劳动保障部门要逐步把农民健康保障纳入社会保险范畴统一管理，并积极开展多种形式的健康保障方法的试点工作。
建设部门要把开展初保与加快农村小城镇建设结合起来，将农村卫生服务设施纳入小城镇建设规划，指导农民对新建住宅卫生厕所的配套建设。
民政部门要在贫困地区和特困人群中协调建立医疗救助制度，支持贫困地区的医疗预防保健工作。
人事部门要根据上级有关人事制度改革政策，制定乡镇卫生院人事制度改革的规定和实施方案。
教育部门要培养更多的农村卫生人才，抓好中、小学生的健康教育工作，组织实施农村学校的改水改厕工作。
文化、广播电影电视部门要将“全国九亿农民健康教育行动”工作纳入本部门的工作规划中，充分利用新闻媒介，普及卫生科学知识，倡导健康文明的生活方式。
食品药品监督部门要加强对药品经营的监督管理，严厉打击非法交易和制售假劣药品的行为，保障农民用药安全。
扶贫部门每年要安排一定的扶贫资金，用于帮助贫困地区解决乡、村卫生基础设施、饮水工程和沼气池建设。
公安、粮食、供销等部门按照各自的职责，落实有关措施，支持做好初保工作。
五、主要措施
（一）组织管理。各级人民政府要加强对初保工作的领导，要将改善基本卫生条件、建立新型农村合作医疗制度、提高农民健康水平、减少本地区因病致贫、返贫人数、保证农村卫生经费投入等，作为主要领导政绩考核的重要内容之一；成立由政府领导牵头，计划（粮食）、财政、卫生、农业、环境保护、扶贫、宣传、人事、水利、建设、劳动保障、教育、食品药品监督、文化、广播电影电视、人口计生、公安、供销等有关部门参加的初保委员会，委员会下设办公室，办公室负责初保和新型农村合作医疗制度工作的组织、指导、协调和管理。
（二）部门协作。实施初保是政府各有关部门的职责。初保委员会各成员单位要将初保工作目标纳入本部门的工作计划，要按照部门职责，明确分工，互相配合，共同完成初保的各项任务。
