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定性为企业的水管单位，要按照产权清晰、权责明确、政企分开、管理科学的原则建立现代企业制度，构建有效的法人治理结构，做到自主经营，自我约束，自负盈亏，自我发展；水管单位负责人由企业董事会或上级机构依照相关规定聘任，其他职工由水管单位择优聘用，并依法实行劳动合同制度，与职工签订劳动合同；在工资分配上，按照工资总额增长幅度低于经济效益增长幅度、职工平均工资增长幅度低于劳动生产率增长幅度的原则，积极推行以岗位工资为主的基本工资制度，明确职责，以岗定薪，合理拉开各类人员收入差距。
水利工程管理单位要深化内部运行机制改革，提高工程管护水平，巩固水管体制改革成果。
要努力探索多样化的水利工程管理模式，逐步实行社会化和市场化。对于新建工程，应积极探索通过市场方式，委托符合条件的单位进行管理。
2、规范水管单位的经营活动，严格资产管理。
纯公益性水管单位，要在财政资金足额到位的情况下，不得从事经营性活动。
准公益性水管单位，要在科学划分公益性和经营性资产的基础上，对内部承担防洪、排涝等公益性职能部门和承担供水、发电等与水利工程有关的多种经营职能部门进行严格划分，将经营部门转制为水管单位下属企业，做到事企分开、财务独立核算；在不影响工程公益性功能发挥的前提下，需将经营部门与水管单位相分离的，必须经上一级水行政主管部门同意。
事业性质的准公益性水管单位，要在核定的财政资金到位情况下，不得兴办与水利工程无关的多种经营项目，已经兴办的要限期脱钩。
企业性质的准公益性水管单位和经营性水管单位，在投资经营活动上，原则上应围绕与水利工程相关的项目进行，并保证水利工程日常维修养护经费的足额到位。
改制为企业的水管单位，享受国家和自治区有关事业单位改制为企业的各项优惠政策。
加强国有水利资产管理，明确国有资产出资人代表。委托水行政主管部门作为水利工程国有资产出资人代表，负责对水利工程国有资产的监管，同时要积极培育具有一定规模的国有或国有控股的企业集团，负责水利经营性项目的投资和运营，承担国有资产的保值增值责任。
3、强化水利工程目标管理。水行政主管部门要全面推行水利工程目标管理，严格按照考核标准，加强对水管单位的目标管理考核评定工作，规范管理工作，提高管理水平，确保工程完好。
（四）积极推行管养分离。
积极推行水利工作管养分离，精简管理机构，提高养护水平，降低运行成本。
在对水管单位科学定岗和核定管理人员编制的基础上，将水利工程维修养护业务和养护人员从水管单位剥离出来，独立或联合组建专业化的养护企业，并逐步通过招标方式择优确定维修养护企业。
推行管养分离可分三步走：
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