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市交通局：（1）负责抢险救灾物资调运以及灾区人员和物资的撤退运输的交通设施；（2）按照防汛要求，负责所辖水运和公路交通设施、工程、装备的防洪安全；（3）负责处理本系统阻水桥梁、码头等阻水障碍；（4）汛情紧张时，根据防汛要求，通知本市所辖河道内的船只限速行驶直至停航及车辆绕道；（5）协同公安部门保证防汛抢险救灾车船的畅通无阻。
市水利局：（1）部署全市防汛准备工作；（2）提供雨情、水情、旱情、工情、灾情及水情预报，做好防汛调度和抗旱水源的调度，制定全市防汛抗旱措施；（3）提出防汛抗旱所需经费、物资、设备、油电方案；（4）负责防汛抗旱工程的行业管理，按照分级管理的原则，负责市属工程的安全管理；（5）制定工程防汛急办和度汛应急处理及水毁修复工程计划；（6）做好河湖清障工作，打击长江非法采砂。
市市政公用局：负责城区防洪排涝和内河水位调度管理工作，保障城市市政公用设施正常运转。
市国土资源局：负责组织因雨洪引发的山体滑坡、崩塌、泥石流等突发地质灾害防治；制定、实施突发性地质灾害的抢险救灾方案。
市环保局：负责水质监测，及时提供水源污染情况，做好污染源的调查与处理工作。
市卫生局：负责水旱灾区医疗救治、疾病控制和卫生监督工作，及时向市防汛指挥部提供水旱灾区医疗卫生信息。
市民政局：负责洪涝旱灾地区灾民的生活安置和救灾工作。
市农林局：负责及时提供农业灾害情况；负责农业遭受洪涝旱灾和台风灾害的防灾、减灾和救灾以及生产恢复工作。如遇灾害，及时调整播种品种，搞好补栽补种。负责做好各类生产基地的防灾抗灾工作。做好抗旱排涝设备的供应和调配。
市供销社：负责草包等防汛物资的储备或供应，必要时组织供应超计划货源。做好防汛抢险和生产救灾物资的调运供应工作，确保抢险物资随时调拨。
南京电信局：负责所辖电信设施的防洪安全，确保汛期通讯畅通，做好对付特大洪水应急通讯的准备工作。
南京供电公司：负责保证防汛抢险及抗旱排涝用电。
市气象局：负责对灾害性天气的监测预报，及时提供实时气象信息和天气预报。
南京水文分局：负责提供全市各地以及各主要河流、水库的实时水雨情信息和水文预报。
市市级机关事务管理局：负责市防汛防旱指挥机构的后勤保障工作。
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