第三条 排污费属政府非税收入，其管理必须严格实行“收支两条线”，征收的排污费按规定的预算级次缴入国库，相应的支出由同级预算安排。
第四条 各级环境保护行政主管部门、地方税务部门、财政部门和人行应建立排污费核定、征缴的文书传递和工作联系制度，按季召开联席会议，确保排污费的核定征缴过程信息畅通。
第二章 污染物排放种类、数量的申报
第五条 排污者应当在每月或每季度开始3日内向县级以上环境保护行政主管部门申报当月或当季度排放污染物的种类、数量和浓度，使用排污申报软件97数据包填报《排污申报登记表》，并提供相关资料。
第六条 排污者应当在每月或每季度开始3日内向县级以上环境保护行政主管部门申报当月或当季度排放污染物的种类、数量和浓度，使用规定的排污申报软件填报《排污申报登记表》，并提供相关资料。
第七条 排污者申报的排放污染物的数量或浓度低于满负荷生产能力以下排污水平或上年同期核定数额的，必须说明原因并提供证据。
第三章 污染物排放种类、数量的核定
第八条 县级以上环境保护行政主管部门负责排污费的核定工作。其中，省级环保部门负责对装机容量在30万千瓦以上的火电企业和其它直接核定的企业的排污费的核定。
第九条 负责污染物排放核定工作的环境保护行政主管部门在核定污染物排放种类、数量时，对安装了在线监控设备的排污者，应当按照在线监控数据进行核定；对没有安装在线监控设备、但具备监测条件的，按照国家或省环境保护行政主管部门规定的监测方法进行核定；对不具备监测条件的，按照国家或省级环境保护行政主管部门规定的物料衡算方法进行核定；对第三产业的小型排污者，可以采用抽样测算方法进行核定。
第十条 县级以上环境保护行政主管部门未按要求规定足额核定排污者排放的污染物种类、数量的，上级环境保护行政主管部门有权责令其限期改正，或者直接予以核定。
