根据上述职责，市卫生局设8个职能科（室）：
　　（一）办公室
　　协助局领导处理政务和机关日常工作，负责综合性政策调研，协调和督办各科室的业务工作，制订局机关各项工作制度；负责机关大型会议组织、信息、新闻、宣传、文电处理、秘书事务、机要保密、文书档案管理、安全保卫、社会治安综合管理及信访和协调卫生信息管理等工作；负责机关行政事务、财务、基建、资产、房产等行政后勤和卫生社团组织的管理工作。研究草拟全市卫生人才发展规划，负责局机关和直属单位机构编制、国家公务员管理。按干部管理权限，负责指导和检查局机关及下属单位的干部业务考察、任免和报批，以及直属单位干部职工调配、人事管理、劳动工资和福利保险工作；协同有关部门做好大专毕业生分配和军队转业干部安置工作；负责局属单位职工的岗位培训和职工教育工作；协同有关部门草拟全市卫生专业技术职务晋升政策，组织实施全市卫生专业技术职务评审及资格认定工作和职称聘任后的管理、医师资格和助理医师资格认定工作。市直医疗卫生单位专家及知识分子管理工作。负责全市卫生系统评先表彰工作。
　　（二）卫生法制与监督科
　　根据国家有关规定履行卫生综合执法职能；负责卫生行业有关政策贯彻执行情况的调查研究；综合提出卫生执法工作的实施方案；负责卫生行政处罚的审查、听证和决定；负责卫生行政赔偿的审核；负责对卫生执法、卫生执法机构、卫生执法人员的监督和管理；指导市直卫生单位普法及依法治理工作；负责全市卫生信息的综合处理和管理工作。
　　（三）规划财务科
　　贯彻执行国家财务会计方面的法律、法规；统筹规划与协调全市卫生资源的配置；研究草拟全市卫生财务管理办法，制订财务计划，编制卫生经费预算，草拟经费分配方案，并组织实施；研究提出卫生服务价格建议；对全市医疗卫生机构实行综合效益评价；管理全市重大卫生投资项目预算；对直属医疗卫生单位的发展规划、财务、基本建设、技术改造、技术装备、国有资产实施管理和监督；负责全市大型医疗设备的规划布局；协调国外卫生贷款的利用工作；对市直医疗卫生单位财务收支、基建投资项目等进行内部审计监督；组织指导本系统内部审计业务；负责局直属机关单位财产、物资的购置管理和使用；负责组织和办理卫生经费的年度结算及劳动工资统计、保险福利费用统计等工作。
　　（四）基层卫生与妇幼保健科
　　草拟和组织实施全市农村卫生、城市基层卫生服务的发展规划政策和服务标准，组织全区初级卫生保健规划的实施；指导社区卫生服务工作，做好社区卫生服务机构、乡镇卫生院、村卫生所的管理工作；制订全市妇幼卫生、优生优育和提高人员素质工作的发展规划、政策措施、技术标准；对全市各级妇幼保健专业机构的建设和目标管理进行业务指导；组织防治危害妇女、儿童健康的常见病、多发病；做好计划生育技术服务的质量监督和业务指导；组织实施《2001-2010年中国儿童发展规划纲要》、《中国妇女发展规划纲要》国别规划中的妇幼保健指标，监督母婴保健专项技术的实施；协调有关部门做好健康教育管理及全区妇幼卫生国际合作项目工作。

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