根据上述职责，梧州市对外贸易经济合作局设6个科室和“一个中心”：
　　（一）办公室
　　负责局机关的政务；负责局机关国家公务员及直属单位员工的调配、考核、奖惩、培训、录用、工资晋升、福利、人事档案、出国出境审核等工作；负责重要会议的组织和会议决定的督办；负责公文管理；负责管理外经贸网站的运作。做好对外宣传、政务信息、机要档案、保密、治安保卫等督促检查工作，外事活动安排、基建、生活福利、秘书、后勤服务和接待等事务。
　　（二）党委办公室
　　负责指导本系统干部思想政治工作，社会主义精神文明建设、计划生育、普法教育工作。开展党员教育，基层党组织建设及党群团体干部的调配；草拟和管理党委的有关文件；负责本系统计生、工青妇工作及社会综合治理、来信来访工作。
　　负责检查党纪的执行情况和党纪、党规的教育工作；查处党员违法违纪案件。
　　（三）综合计财科
　　编报外经贸发展中长期规划及年度计划，分析国际经贸形势和全市进出口状况；负责进行监测、分析并提出宏观调控建议；管理各项外经贸业务资金、专项基金、基建投资和机关行政经费等；负责所属企业单位国有资产监管和清产核资；指导和管理外经贸财务会计工作，负责外经贸统计工作和信息发布工作；负责外经贸系统的内部审计工作。
　　负责机关编报经费收支预算、财务帐目等会计事务；审核外贸企业申请使用各项外贸基金；出口产品退税资料稽查；检查本系统单位财务法规、制度的落实和执行情况，并指导流动资金的运用和管理；负责所属企业财务内部审计工作及财务报表的审核和汇编上报；协调本系统企业及境外企业国有资产的监督管理工作；审核会计证申报及年审初审工作。
　　编制全市进出口计划、利用外资计划和外经系统工业生产计划；编制全市外贸企业、外商投资企业和加工贸易业务的中长期发展规划和年度计划；负责检查督促年度进出口商品计划的贯彻实施；指导外经贸企业做好经营管理和深化改革，转换经营机制工作。
　　（四）对外贸易管理科
　　贯彻执行国家进出口商品贸易管理政策、法规；调查研究全市外经贸发展的重大问题，提出促进外贸发展建议；负责全市进出口贸易商品配额年度计划、各类企业外经贸经营权的审定、报批报审工作；负责边境贸易、出口商品生产基地建设工作；指导企业开发新的出口产品、出口市场；上报各类国际货运代理经营权；组织企业参加各种对外贸易洽谈会、交易会、展销会。
　　分析和统计机电和高新技术产品进出口情况，编发有关资料；申报机电产品配额年度进口计划，办理自动登记产品的进口登记，负责外经贸科技发展、信息化、标准化工作。

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