但是，我省卫生科技工作面临的形势依然十分严峻。
　　1、新老传染病防治的形势不容乐观。病毒性肝炎、肺结核等老的传染病的诊治和防控问题并未根本解决。27种法定传染病每年的发病率、死亡率和病死率呈波动式变化而非稳定下降。2005年甲乙类传染病共发生90838例， 年发病率为214.7/10万， 较2004年上升4.9%。病毒性肝炎的发病率为86.9/10万， 虽略低于全国平均水平（91.4/10万）， 但病死率和死亡率均高于全国水平。肺结核发病率近年来呈上升趋势，2005年全省肺结核共死亡203人， 居传染病死亡第一位。 麻疹、登革热、百日咳和梅毒等疾病也呈明显上升态势；出血热、麻疹、霍乱和布病等疾病疫情起伏， 随着人口迁徙和社会变化控制难度亦进一步加大；近年来新发生的传染病，如SARS，虽然在2003年因政府、卫生机构和民间的共同努力，得到有效的控制，在全国亦堪称先进，但却耗费了大量的物资和人力。而新发现的艾滋病毒感染者和患者人数从2001年至2005年（分别为23例、34例、50例、77例和161例）以50%的速度逐年递增流行，并呈扩散之势，2005年HIV死亡40例， 是2004年的2倍。
　　2、慢性非传染性疾病， 伤害和精神疾病的威胁日益严重。近年来， 我省居民恶性肿瘤， 脑血管疾病， 心血管疾病， 呼吸系统疾病， 内分泌疾病的患病率逐年增高， 死亡率（1/10万）均高于全国平均水平（146.6/126.4； 128.0/100.9； 106.7/49.4； 79.9/69.3； 18.0/14.9），慢性病死亡占全省总死亡人数的75%以上，人口老龄化进一步加重了慢性病社会负担， 已成为医疗费用上升和家庭致贫的主要原因。交通事故和自杀等伤害的发生率和死亡率居高不下， 为40岁以下人群的第一位死因。精神疾病的年患病率达到8.1%，抑郁、焦虑、酒精滥用等精神疾病的危害日益显现。由于吸烟、肥胖、高血压、精神压力等危险因素水平呈增高趋势，诊疗费也呈明显上升趋势， 慢性非传染性疾病已经成为最主要的疾病负担。
　　3、科技资源的大省而非卫生科技创新强省的矛盾较为突出。我省是卫生科技资源的大省，平均每千人口的床位数、医师数和护士数，除京、津、沪三个直辖市外，均位居全国第一位。在全国500张-799张床位的大型医院中，我省有58所，占全国的9%，拥有量居全国第一位；全国每百万人口拥有 500张-799张床位的大型医院0.51所，我省是1.38所，居全国第一位；全国800张及以上床位的特大型医院中，我省有15所，占全国的8.3%，居全国第三位；全国每百万人口拥有80　0张及以上床位医院0.148所，我省有1.04所，除直辖市外居全国第一位。虽然我省拥有可用于卫生科技工作的较充足的人力和物质资源，但严重缺乏行业科技管理和支撑，致使卫生科技创新能力明显不足。“十五”期间，在卫生领域代表全国基础研究和应用研究最前沿水平的国家重大基础研究规划项目共16项，863计划约650项，我省无一牵头承担者。国家各类科技攻关计划350项，我省牵头承担的项目不超过10项。在处于生物医学前沿的基因治疗、组织工程、干细胞治疗技术的应用基础和临床研究中，我省从未拔得头筹。心脏、肺、肝移植无论从完成例数或是移植成功率和患者生存率上，我省也不处于国内领先的地位。我省丰富的卫生科技资源与薄弱的卫生科技创新能力之间形成了强烈的反差。

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