第十一条 排污单位应当根据环境保护部门核定的本单位污染物排放总量控制指标，落实相应的污染物排放总量年度削减计划。
第十二条 在污染物实际排放总量低于允许排放总量且水质达到水源保护规定的水环境质量标准的地区，各区、县可适当发展一些污染少的项目，但不得新建石棉制品、土硫磺、电镀、制革、造纸制浆、土炼焦、漂染、炼油、有色金属冶炼、土磷肥和染料之类小化工等污染严重的生产项目；不得建设油类和危险品作业码头以及拆船厂。新建项目增加的排污量，必须控制在本地区允许的排污总量指标之内。
污染物排放总量指标可以在地区内综合平衡，可以在企业之间有条件地调剂余缺，互相转让；但必须经环境保护部门同意。
第十三条 排污单位必须向所在地的区、县环保部门提出污染物排放申请。污染物排放申请应当包括污染物种类、排放浓度、数量、时间、排放口位置、污染治理措施以及达到允许排放量的期限等。未经许可，不准擅自排放污染物。
环保部门应当根据污染物排放总量控制的要求，对各单位的排污申报进行审核。凡达到总量控制要求的，由环境保护部门发给《上海市企事业单位水污染物排放许可证》；凡尚未达到总量控制要求的，由环境保护部门发给《上海市企事业单位水污染物临时排放许可证》，并责令其限期治理。
第十四条 水源保护区、准水源保护区内的污水排放口必须安装污水计量仪表。排污单位应当配备环保管理人员，保证污水处理设施正常运转，并做好原始记录，定期向环境保护部门报告，不得弄虚作假。
污水处理设施因故障、检修等无法正常运转的，排污单位应当采取停产、减产或者其他削减污染排放量的措施，并在24小时内向所在地的区、县环境保护部门报告。
排污单位确需拆除或者停用污水处理设施的，必须在实施拆除、停用行为的30日前提出书面申请，报环境保护部门批准。
第十五条 淀山湖、元荡湖沿湖纵深5公里的陆域内，不得建设污染水体的项目。
淀山湖、元荡湖沿湖纵深2公里至5公里和其他水源保护区、准水源保护区的陆域内，新建、扩建、改建项目向水体排放污染物的，应当符合规定的排放标准与核定的排放总量控制指标。（具体排放标准附后）
淀山湖、元荡湖沿湖纵深0.2公里至2公里的陆域内，可以建设疗养院和风景游览项目，但必须符合淀山湖、元荡湖的开发总体规划，配建相应的污染治理设施，并将达到排放标准的生活污水排至沿湖纵深2公里以外的指定水域。确需就地排放污水的，必须达到国家Ⅱ类地面水环境质量标准。
