(4）一审法院将已过诉讼时效认定为未过诉讼时效被改判。例如，三河市公路管理站诉北京现代都市建筑工程有限公司租赁合同纠纷案（一审案号[2006〕朝民初字第22841号，二审案号是[2007]二中民终字第04826号），三河市公路管理站已明知北京现代都市建筑工程有限公司的工作人员早已调离该单位，仍多次要求其还款，一审法院认定该追款行为构成诉讼时效中断不当，二审法院改判驳回三河市公路管理站的诉讼请求。
三、对2007年全市法院二审商事案件发回重审、改裁和改判案件存在问题的解决思路
（一）处理违约金问题应把握的原则
1．关于违约金的性质
《
合同法》第
114条等规定已经确定违约金具有“补偿和惩罚”双重性质，系以赔偿非违约方的损失为主要功能，而非旨在严厉惩罚违约方。鉴于违约金主要体现为一种民事责任形式，因此，对数额过高的违约金条款，人民法院可以根据当事人的请求适当进行调整，以维护民法的公平和诚实信用原则。若任由当事人约定过高的违约金且以意思自治为由而不加干预，在有些情况下，无异于鼓励当事人通过不正当的方式获取暴利。
2．关于违约金过高的主张方式问题
审判实践中存在提起反诉和提出抗辩两种做法，对此，人民法院对于主张的方式不宜过分严苛，当事人既可以通过反诉方式，也可以通过提出抗辩的方式主张。由于审判实践中双方的争议往往纠缠于是否违约而非违约金是否过高，因此，在当事人未主张调整违约金数额的场合，人民法院可以根据案件的具体情况，就违约金是否过高或低的问题进行释明，即假设违约成立，是否认为违约金过高。
3．关于违约金过高的认定标准问题
应当以实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等因素，由人民法院根据公平原则、诚实信用原则予以衡量。至于违约金过高的认定以及减少程度的确定，则应由法官根据个案情况予以裁量。
4．未约定违约金标准的处理
合同当事人没有约定逾期付款违约金标准的，法院可以参照中国人民银行于2003年12月10日发布的银发[2003]251号《
中国人民银行关于人民币贷款利率有关问题的通知》，在确定的利息水平基础上加收30％～50%，确定逾期付款违约金。中国人民银行有新规定的，参照新规定。
（二）处理股权转让合同纠纷应把握的原则
1．应当正确理解股权变更登记对股权转让合同的影响。股权转让后，未经工商变更登记，股权转让合同效力是否会受到影响呢？审判实践中有观点认为，未经工商变更登记，股权转让合同不生效，这种观点是错误的，工商登记不是合同生效的要件。其理由在于：
(1)根据《
合同法》第
44条的规定，依法成立的合同，自合同成立时生效。法律、行政法规规定应当办理批准、登记等手续的，依照其规定。就股权转让而言，我国现行立法并未规定转让合同必须在办理工商登记后才能生效，经双方当事人达成股权转让协议即生效。
(2)股权变更后，有限责任公司股东在工商管理部门登记的性质应为宣示登记，它与公司设立工商登记的设权性登记性质是不一样的。我国《
公司法》和有关公司、企业的登记管理法均规定，公司、企业经核准登记，自取得企业法人营业执照之日起成立。因此，公司的工商登记是决定公司成立、取得独立法人资格的设权程序；而工商管理部门的股东变更登记的性质完全不同，属于宣示性的登记，根据《
公司法》和《
公司登记管理条例》的规定，公司应当将通过受让股权成为有限责任公司的股东者的姓名或者记载于公司章程和股东名册，并由公司向工商管理部门办理登记变更的手续。就是说，公司将其确认的股东向工商管理部门办理登记，因为公司的确认已经实现，股东的身份已经确定，股东的工商登记仅仅是一种宣示而已。因此，可以认为，股东的工商登记来源于公司的登记，或者说股东的工商登记以公司股东名册为基础和根据，股东权利的获得与行使并不以工商登记程序的完成为条件。两者之间的关系决定了在发生差异的时候，即工商登记的内容与公司股东名册登记内容不一致的时候，作为一般原则，公司股东名册的登记内容应作为确认股权归属的根据；在股权转让合同的当事人之间、股东之间、股东与公司之间因为股权归属问题发生纠纷时，当事人不得以工商登记的内容对抗公司股东名册的记录，除非有直接、明确的相反证明。但值得注意的是，根据新《
公司法》第
33条“公司应当将股东的姓名或名称及其出资额向公司登记机关登记；登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经变更登记的，不得对抗第三人”的规定，只有经过转让变更登记的股权转让协议，才具有对抗第三人的效力。
2．正确理解限制股权转让的规范为任意性条款。股权转让是指有限责任公司或股份有限公司的股东依照一定的程序将自己的股份转让于其他股东或股东以外投资者的行为。股权转让是一种法律性极强的市场行为，它一方面能够为股东提供退出公司的机制，也有利于提高公司的管理水平和公司的可持续性发展；另一方面也能最大限度地反映财产的价值。加强对股权转让问题的研究将有助于促进社会资源的合理配置，推动市场经济体系的建立和完善。在这里主要结合新《
公司法》对有限责任公司股权转让的相关规定进行法律分析。我国《
公司法》第
72条规定了有限公司的股东可以将其在公司的股权进行有偿转让，根据该条的规定，有限责任公司股权转让有两种形式：一是公司内部股权转让，即股东将股权转让给公司的现有股东；二是公司对外股权转让，即股东将股权转让给现有股东以外的其他投资者。
