（四）案件受理难以操作。目前，法院在受理公司诉讼案件时，普遍在以下几个方面较难确定：
一是案由确定难。最高人民法院《民事案件案由（试行）》中确定的18种公司诉讼纠纷案由系在旧
《公司法》框架下规定的，分类比较粗糙，且已无法涵盖当前的全部公司诉讼纠纷类型。尤其是新
《公司法》创设的股东派生诉讼、股份回购诉讼、撤销公司决议诉讼、司法解散公司诉讼、申请法院强制清算公司等新类型诉讼，目前尚无司法解释对其案由作出统一规定。由此导致实践中许多公司诉讼纠纷不易确定案由，而这些类型的案件已经出现。由于案由规定滞后，且滞后的案由已由最高人民法院设定到了案件电脑统计程序中，各级法院无权变动，因而各级法院不得不将没有案由对应的公司诉讼案件归人“股东权益纠纷”、“一般股东权纠纷”、“其他股东权纠纷”、“其他股权转让侵权纠纷”或者“其他损害公司权益纠纷”中，以符合电脑自动统计的要求。然而这些案由不能准确反映当事人争议的法律关系最核心、最本质的性质，这不仅给司法统计的准确性和审判流程管理的有效性带来问题，也对正确把握案件性质、开展调研工作产生不利影响。
二是诉讼主体确定难。新
《公司法》增强了公司纠纷的可诉性，增加了一些保护性的请求权种类，大大完善了
公司法上的权利保护体系。但由于相关规定比较原则，加之公司纠纷涉及的利益主体较多，法律关系错综复杂，同一诉讼中往往存在多个利益主体权利义务的交叉，使得准确确定诉讼主体成为法院审理公司纠纷案件的一个难点。由于认识上的不统一，导致司法实践中法院在受理同类案件时确定诉讼主体不一致。例如，已退出的股东能否对其在任期间公司的财务问题提出知情权诉讼？对此，新
《公司法》未规定，实践中做法不一，有的法院认为这样的股东具备知情权诉讼原告的主体资格，予以受理；有的法院则以此类人员不具备股东资格，不是知情权诉讼的适格原告为由，裁定不予受理或驳回起诉。又如，在解散公司诉讼中，有的法院认为公司应为被告；有的法院则认为公司是被解散的客体，不应作为当事人，应以其他股东为被告；还有的法院以公司为被告，列其他股东为第三人，或者以其他股东为被告，列公司为第三人。
三是管辖确定难。公司诉讼纠纷案件多围绕公司展开，但因诉讼主体较多，原告选择管辖法院的权利比较大，随意性比较大，有时会导致审理案件的法院实际与案件没有多少关联，不利于案件的审理。另外，许多公司诉讼案件没有财产标的，如果简单按照
民事诉讼法的一般原则确定管辖，会导致部分难度较高的案件都集中到基层法院，与司法资源配置不相称。因此，如何科学确定公司诉讼案件的地域管辖和级别管辖较为棘手。
四是诉讼费用标准确定难。首先，实践中对于某些公司诉讼案件是否属于财产案件不好确定，如股东代表诉讼、司法解散公司、申请法院指定清算组等案件，在诉讼费用收取上做法不一。如有的法院对司法解散公司案件作为非财产案件收费，有的法院则按照公司注册资金数额计算案件受理费。其次，一些案件虽然没有争议的财产标的额，但审理难度较大，如股东资格确认纠纷、解散公司案等，这些案件所耗费的司法成本往往较大，严格按非财产案件收取50元诉讼费与司法成本极不相称。
（五）
民事诉讼法规定的程序不能适应公司纠纷案件程序上的需求，公司纠纷案件程序适用困难。当前民事诉讼程序主要是针对侵权、合同等传统民商事纠纷作出的制度设计，对于公司诉讼纠纷这样一种新型案件如何适用程序存在诸多空白。一是新
《公司法》中有些关于诉权的规定在
民事诉讼法上无相应程序，如股东派生诉讼、公司解散和清算，这些案件的诉讼主体如何确定、审理程序又如何均无程序法上的规定。二是对于一些具有非讼性质的公司纠纷案件，由于目前我国缺失审理这一类案件的对应程序，实践中只能适用现行
民事诉讼法上的普通诉讼程序，但这显然与非讼公司案件的特点不相适应，形成审理程序的错位。审理程序的错位与公司非讼程序的缺失，一方面造成当事人权利不能得到保护或不能得到及时有效的保护；另一方面以复杂的诉讼程序审理相对简单的非讼案件也造成原本紧张的司法资源的浪费。实践中比较明显的例子是：新
《公司法》第
184条规定的申请人民法院指定清算组、组织清算案件，显然不属于普通程序审理的范畴，但目前又无相应的特别程序可以适用；又如，实践中大量发生的股东知情权纠纷，此类案件法律关系简单，在实体上通常只需判断原告诉请目的的正当性即可作出裁判，但由于程序法上对此类案件的非讼性质和审理程序没有规定，目前该类案件只能适用二审终审制的普通民事诉讼程序进行审理，程序复杂，审理期限长，但审判效果并不理想。从原告股东的角度讲，其希望权利得到及时救济的初衷很难实现；从被告公司角度讲，在整个漫长的诉讼期间内，其与原告股东都处于僵持状态，公司正常运营受到很大影响。可以说，公司纠纷案件的程序适用问题已经成为当前困扰审判实践的焦点问题之一。
