一、领导层（市政府）：医疗垃圾管理是一项综合性较强的工作，涉及的有建设、卫生、环保、物价等诸多部门，需要在市政府的统一调度、统一领导下建立协调管理机制，相关部门积极配合，各司其职、各尽其责，相互促进，相互监督，形成管理合力，从而形成政府主管部门负责、全社会齐抓共管的有利局面。政府要出台文件授权委托中标企业专营运作处理漳州市各医疗单位产生的医疗垃圾，实现资源的合理利用与配置，同时授权市建设局、市环卫处代表政府与企业签订合同，监督处置中心的建设及今后的运营，对处置中心的无害化处置工作实行全程监控，协助中标企业申请关于医疗垃圾处置的各项优惠政策及补助款项，以扶持企业的健康运行，并承担起医疗垃圾处置费的收缴任务，协同有关部门做好收费工作，确保处置费能及时到位、足额交付。
二、监督管理层：
1、物价部门：按照“谁投资，谁受益”的原则，实行医疗垃圾处理收费制度，落实垃圾处理投资有偿制。为确保企业的顺利运行，获得合理的经济回报，物价部门要按照闽价〔2003〕商425号《
福建省物价局关于危险废物处置收费标准问题的批复》中规定的医疗废物收费标准执行，结合漳州实际情况着手制定有效的收费渠道，使医疗垃圾处理走向良性循环，保证医疗垃圾集中处理工作真正走上市场化运作的道路。
2、卫生、环保部门：在医疗垃圾统一集中处置前，环保、卫生等相关职能部门要联合出台医疗垃圾管理规定，强制各医疗单位遵守执行，规范各医疗单位的医疗垃圾的源头管理，建立医疗垃圾集中处理运行机制并进行监督管理，配合处置中心做好医疗垃圾的无害化处理工作。同时，环保、卫生部门要会同医疗卫生机构及处置单位，对从事医疗垃圾收集、运输、处置工作的相关人员进行医疗垃圾分类知识、相关法规和专业技术、安全防护以及紧急情况处理等知识的培训。
今后的运行过程中，环保部门负责监督处置中心的无害化处置过程，同时，要通过医疗垃圾转移联单，对医疗垃圾从产生至处置整个过程进行监控，有效防止跑冒洒漏现象；对于各医疗卫生单位不按有关法律、法规要求，擅自处理、处置医疗垃圾的单位及个人要严格执法，依法追究其法律责任。
卫生部门应严格监督各医疗卫生单位管理好医疗垃圾的源头，分类、收集、贮存、交接均应指定专人负责。要规范建立医疗废物、生活垃圾分类处理管理制度（即黑色袋用于生活垃圾、黄色袋用于医疗废弃物），做到定时、定点、定单位、定凭据（登记备查）。交处置中心集中处置的医疗垃圾要统一使用牢固、不渗漏、不易燃的一次性的材料包装，不得污染环境。各医疗卫生单位应指定有关科室、专人负责此项工作，采用全市统一的医疗废物回收袋进行回收，按指定地点存放，加强管理，严防流失。不得将医疗固体废物交由未取得危险废物经营许可证的单位收集处置。同时要联合环保部门督促各医院处置费用的落实，通过校验《医疗机构执业许可证》审核执业资格，进行定期或不定期检查，监督各级、各类医疗机构的业务量和缴交费用情况，发现虚报、瞒报和不缴交医疗垃圾处理费者，按有关规定严肃查处，确实保证企业能有足够的运营经费保持长期、正常地完成处置任务。
