（一）指导思想和基本原则
1、指导思想
以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，坚持全面、协调和可持续的发展观，按照建设资源节约型和环境友好型社会及和谐社会的要求，围绕建设对外开放、协调发展、全面繁荣的海峡西岸经济区的战略构想，落实生态工贸港口城市建设总体要求，在保护中加快发展、在发展中加强保护，统筹规划，突出重点，着眼于让人民群众喝上干净的水、呼吸清洁的空气、吃上放心的食品，在良好的环境中生产生活，努力促进人与自然和谐发展，推动整个社会走上生产发展、生活富裕、生态良好的发展道路。
总的设想是，“十一五”期间要重点启动以“六个创建，六个推广”为主要内容的“6·6”工程，即城市创建环保模范城市、农村创建环境优美乡镇、开发区创建生态工业园区、企业创建环境友好企业、居民区创建绿色社区、学校创建绿色学校；大力推广循环经济、清洁生产、环境管理体系认证、有机绿色食品、环境标志、绿色消费。
2、基本原则
一是坚持协调发展的原则。牢固树立发展为先、发展为大、发展为重的思想，按照建设海峡西岸经济区的战略部署，落实福建生态省建设总体规划纲要的要求，在经济社会发展的大局中谋划环保工作，在加强环境保护中促进经济社会协调发展。
二是坚持改善质量的原则。以维护和发展好人民群众的环境权益为根本，分析环境质量现状，研究制定对策措施，进一步改善环境质量，保护人民群众身体健康，改善生产生活环境质量。
三是坚持实事求是的原则。适应我市经济社会发展的新要求，立足市情，从我市环保工作的现状出发，因地制宜、分类指导，合理确定目标任务，科学制定对策措施。目标和任务要可行、可达，政策和措施要有针对性、可操作性。
四是坚持体制创新的原则。坚持政府引导、法律监督、市场推动和公众参与相结合，充分发挥政府和市场行为对环境保护的调节作用，推进环境保护的体制创新，努力形成符合市场经济规律要求的环境保护新机制。
五是坚持统筹协调的原则。要与“十五”环保规划相衔接，与漳州市“十一五”国民经济和社会发展规划、相关专项规划、地方环保规划相协调，统筹考虑。充分利用已有的统计、监测、专项调查与科研成果。
六是坚持项目带动的原则。统筹兼顾，分期实施，突出重点区域、流域的重点工程，通过项目实施带动环境保护的整体推进，实现经济快速增长条件下环境质量基本稳定并力争有所改善，为经济更快更好地发展创造良好的生态环境优势和较大的环境空间。
3、规划年限
本规划的基准年为2005年。
规划时段为2006-2010年，同时展望2020年远景。
（二）总体目标和主要指标
1、总体目标
围绕生态市建设和构建海峡西岸经济区的战略目标，在促进和服务生态工贸港口城市的建设中推进环境保护工作，形成人和自然和谐发展的生态环境和优美舒适的人居环境，建设节约型社会，推动整个社会走上生产发展、生活富裕、生态良好的文明发展道路。
到2010年，农村面源污染得到有效控制，环境质量保持全省先进水平。工业污染得到加强，城市环境质量进一步提高，重点流域水质基本达到功能分区标准；生态环境功能区建设和管理水平进一步提升，生态环境质量继续保持全省先进水平；环境统一监管现代化能力明显提高；环境安全应急处理机制日趋完善；生态市建设整体战略得到有效推动。
到2020年，污染治理和生态建设达到全省先进水平。各类环境质量达到或优于国家功能区质量标准，自然资源得到合理利用和保护。农村生态环境和环境质量全面改观，工业污染得到全面控制。生态市建设主要目标任务基本实现，经济社会与人口、资源环境协调发展，生态环境步入良性循环发展道路，可持续发展能力达到全国先进水平。
2、主要指标
--城乡人居环境质量持续改善。100％的城市集中式生活饮用水水源地水质达标。全市4条水系中90%省控、市控断面达到功能区水质标准，90%省控断面水质优于或达到Ⅲ类水质标准，内河水质达到Ⅳ类标准。全市近岸海域45%达到环境功能区水质标准。城市空气质量二级达标天数不低于310天。辐射水平环境质量保持良好状态。城市（含县城）污水处理率达60％以上，城市（含县城）垃圾无害化处理率达70％以上。2010年设市城市和九龙江流域的沿江县城都要建成一座以上污水处理厂和一座以上垃圾无害化处理场。城市建成区绿化覆盖率达45％。
--生态环境质量继续保持全省先进水平。森林覆盖率稳定在全省平均水平62％以上。自然保护地区面积占国土面积比例达10％。生态农业示范面积占国土面积25%以上。水土流失面积控制在占国土面积的6.4%以内。
--污染综合防治水平明显提升。主要污染物排放总量控制在2005年水平上削减10％（具体按照省下达的指标执行）。工业固体废物综合利用率达70％以上，危险废物、医疗废物得到安全处置，放射性废物安全收贮。单位GDP化学耗氧排放量小于6.6千克/万元。单位GDP二氧化硫排放量小于6千克/万元。
--环保管理及自身能力建设有显著增强。环境监察、监测、信息、宣教能力达标标准化建设的城市达到2个（漳州、龙海）。新增1-2个监测站通过计量认证。新建1个水质自动监测站，1个城市空气质量自动监测站。初步建成生态环境监测网络体系和区域环境安全防范体系。
三、主要任务
（一）加强水环境综合整治
优先保护饮用水源地水质。把保障人民群众的饮用水安全作为水环境保护的头等大事，把饮用水源保护纳入当地经济社会发展规划，完成主要流域各源头保护区划定，建立健全饮用水源安全预警制度和饮用水源地水质月报发布制度。
突出抓好重点流域治理。继续以九龙江、漳江、东溪、鹿溪“两江两溪”为重点，全面推进流域水环境综合整治。加强工业企业、乡镇垃圾和规模化畜禽养殖污染综合整治，确保排放污染物稳定控制在排放标准和总量控制指标内。在全流域实施排污申报登记和排污许可证制度的动态管理，严格排污口监管，定期向社会公布流域监测监控信息。
着力解决畜禽养殖业污染。严格源头把关，主要流域沿线的各县（市、区）编制完成当地的养殖业发展和污染治理规划，合理布局畜禽禁养、控养、适养区。全面整治流域规模化养殖场，大力推广生态立体循环种养模式，促进畜禽养殖废物的资源化。
加强近岸海域污染治理。重点加强主要港湾环境整治，严格控制陆源污染物排放；加强对海岸、海洋工程的环境影响评价，减轻工程建设对海洋环境的影响；建立生态养殖模式，减少海水养殖的自身污染。在近海重点养殖区建设一批生态养殖示范区。
（二）提高工业污染防治水平
加大工业污染防治力度。积极推进城市污水处理产业化，提升污水处理能力和水平。提高工业用水重复利用率。突出抓好造纸、食品酿造、化工等行业的污水治理。省、市级重点污染企业基本安装污染物在线监测装置，实现污染物自动监测监控。
