在新型农村合作医疗信息网络管理系统未建立之前，农村居民到县级以上（或县外）医疗机构就医，一般先自行垫付有关费用，再由新型农村合作医疗经办机构按相关规定及时审核、补偿兑付。全市网络系统建立后，各县（市、区）可与县外定点医疗机构签订协议，通过网络数据传输审核，先由县外定点医疗机构垫付补偿资金，后与新型农村合作医疗经办机构结算。
加快新型农村合作医疗信息化网络建设。按照《
卫生部关于新型农村合作医疗信息系统建设的指导意见》及《福建省新型农村合作医疗制度建设指导意见》的要求，市级建立新型农村合作医疗信息操作平台，市卫生行政部门成立异地就医费用结算中心，以县为单位统筹进行参合农民住院费用的结算，加快定点医疗机构与县级经办机构联网运行，实现网上审核补偿兑付、监管和信息传输，实现农民群众就医即时报销。全省建立新型农村合作医疗数据备份中心和异地就诊数据交换中心。要逐步使用全省、全市统一的社会保障卡，实现全省、全市就诊一卡通。要保证信息安全和根据工作需要共享信息资源。新型农村合作医疗信息资源属国家所有，任何单位和个人不得以任何理由拒绝政府主管部门共享、检查新型农村合作医疗信息系统资源。
（五）监督机制
逐步建立以新型农村合作医疗监督委员会监督为主，内部监督、财政监督、审计监督以及社会监督有机配合的新型农村合作医疗监管体系。建立定期汇报、公示、举报、审计和通报制度，形成政府主导、部门负责、农村居民参与和社会共同关注的监督管理长效机制。
1、监督机构。县（市、区）、乡镇可根据本地实际，成立由人大、相关部门和参加新型农村合作医疗的农村居民代表共同组成的新型农村合作医疗监督委员会。其中农村居民代表不低于总人数的20%，并有相关专业技术人员参加；主要职责是负责定期检查、监督基金使用和管理以及新型农村合作医疗政策执行情况，每年至少2次；定期组织评估本县（市、区）实施办法。
2、监督措施。按照市新型农村合作医疗工作领导小组统一布置，各有关部门每年应对各县（市、区）新型农村合作医疗工作进行监督检查，重点检查新型农村合作医疗制度建设及资金到位、使用情况，并向市新型农村合作医疗工作领导小组汇报，同时在全市进行通报。县（市、区）新型农村合作医疗经办机构要定期向新型农村合作医疗管理委员会和省、市领导小组汇报新型农村合作医疗基金的收支（包括各级财政专项基金到位情况）、使用情况；新型农村合作医疗管理委员会要定期向监督委员会、同级人民代表大会和政协汇报或通报工作，主动接受监督。
要采取张榜公布、媒体发布等方式，定期向社会公开新型农村合作医疗基金的具体收支、使用情况，保障农村居民的参与权、知情权和监督权。各乡镇、各建制村要把新型农村合作医疗资金收缴、支付情况作为乡镇政务、村务公开的重要内容，至少每季度张榜公布一次，接受村民监督。要畅通信访渠道，健全举报、投诉、查处制度，设立投诉电话，对于投诉事项，有关机构要及时给予答复。县级审计部门每年定期对本级新型农村合作医疗基金管理和收支情况进行审计，要特别注重对各级财政资助的新型农村合作医疗专项资金到位情况实行监督。省、市审计部门对县级不定期进行专项审计或审计调查，并根据规定程序和情况公开审计结果，对存在的问题应及时督促纠正。各级新型农村合作医疗经办机构及相关部门要自觉接受并配合审计机关的监督、检查。
